Двое детей, прописаны у бывшего мужа, лишенного прав, в 3-хкомн. квартире. На что они могут претендовать при размене?

Обращайтесь с иском о выселении и снятии с регучета папаши, иначе прохлопаете квартиру. Смотрите тут, ЖК позволяет это в вашем случае
Статья 91. Выселение нанимателя и (или) проживающих совместно с ним членов его семьи из жилого помещения без предоставления другого жилого помещения
2. Без предоставления другого жилого помещения могут быть выселены из жилого помещения граждане, лишенные родительских прав, если совместное проживание этих граждан с детьми, в отношении которых они лишены родительских прав, признано судом невозможным.
Если вы этим не займетесь сейчас, то выселят всех в общагу за неуплату. Сначала будут долги эти взыскивать, с бывшего мужа и свекра. Не получится осуществить взыскание - будет иск о выселении всех в другое жилое помещение по нормам общежития (6 кв м на человека) . Ищите юриста, который вывозил аналогичные дела, основания у вас есть все.

СЕМЕЙНЫЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Статья 71. Последствия лишения родительских прав
2. Лишение родительских прав не освобождает родителей от обязанности содержать своего ребенка.
4. Ребенок, в отношении которого родители (один из них) лишены родительских прав, сохраняет право собственности на жилое помещение или право пользования жилым помещением, а также сохраняет имущественные права, основанные на факте родства с родителями и другими родственниками, в том числе право на получение наследства.
Это что касается алиментов и права пользования квартирой детьми.

Статья 83. Взыскание алиментов на несовершеннолетних детей в твердой денежной сумме
1. При отсутствии соглашения родителей об уплате алиментов на несовершеннолетних детей и в случаях, если родитель, обязанный уплачивать алименты, имеет нерегулярный, меняющийся заработок и (или) иной доход, либо если этот родитель получает заработок и (или) иной доход полностью или частично в натуре или в иностранной валюте, либо если у него отсутствует заработок и (или) иной доход, а также в других случаях, если взыскание алиментов в долевом отношении к заработку и (или) иному доходу родителя невозможно, затруднительно или существенно нарушает интересы одной из сторон, суд вправе определить размер алиментов, взыскиваемых ежемесячно, в твердой денежной сумме или одновременно в долях (в соответствии со статьей 81 настоящего Кодекса) и в твердой денежной сумме.
2. Размер твердой денежной суммы определяется судом исходя из максимально возможного сохранения ребенку прежнего уровня его обеспечения с учетом материального и семейного положения сторон и других заслуживающих внимания обстоятельств.

Решайте вопрос с алиментами, с урегулированием задолженности перед ЖКХ за детей, обратитесь в орган опеки и попечительства, чтобы помогли с иском о выселении родителя, лишенного родительских прав. Хорошо бы также к адвокату по семейным делам

ЖИЛИЩНЫЙ КОДЕКС РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Статья 91. Выселение нанимателя и (или) проживающих совместно с ним членов его семьи из жилого помещения без предоставления другого жилого помещения
2. Без предоставления другого жилого помещения могут быть выселены из жилого помещения граждане, лишенные родительских прав, если совместное проживание этих граждан с детьми, в отношении которых они лишены родительских прав, признано судом невозможным.

В случае выселения - выселяют и переселяют в менее комфортное жилое помещение всех проживающих. Это как подадут иск обслуживающие организации и собственник - муниципалитет. А если Вы будет платить только за детей (об этом надо было думать раньше) - то это не сильно уменьшит сумму долга, кроме того что-то и с "папашей" тоже надо делать.
Либо самим заселяться, погашать все долги и жить, либо выписывать детей и пусть там всё летит в тар тарары.

Я бы на Вашем месте никому не доверяла, а обратилась в суд, предьявила права детей на не совершеннолетних.

Если отец лишен родительских прав, то и алименты он не платит. Ваши дети имею право на долю только в случае приватизации квартиры, т. к. они там прописаны.