Можно ли оформить договор купли-продажи квартиры у нотариуса,если имеется коммунальная задолженность?

Любой договор можно заверить, если в нем прямо не указано, что обязаны погасить задолженность до его подписания.
Кстати, для регистрации сделки в рег. палате заверение договор купли-продажи квартиры нотариусом не обязательно

Конечно можно, можно и без него

Да кто ж вам запретит то?

При оформлении договора купли-продажи квартиры нотариус не нужен.

В настоящее время требований о нотариальном удостоверении договоров купли-продажи недвижимости нет. Можно обойтись простой письменной формой.

Нотариус не нужен здесь. А по поводу задолженности - обычно берут справку о задолженности на момент сделки. Если этого не сделать - покупатели всё равно ее потребуют, а если не потребуют, то при наличии задолженности у покупателей будет головная боль

Смотрите, для проверки квартиры Вам нужны проверки через, так называемые, "каналы" в кое-каких "структурах", которые я называть не буду. Достать их могут не все риэлторы и не все агентства. 90 % риэлторов и юристов проверяют по обычным справкам, от которых, по сути, нет никакого толку… вроде ЕГРН, так называемых «архивок», справок ПНД, выписок из дом. книги и т. д…. Всякие банки, нотариусы, МФЦ и прочие не проверяют квартиры вообще, а задача риэлтора от продавца «впарить» Вам квартиру – ему за это продавец платит деньги, Ваша же задача найти все спрятанные в квартире изъяны. Для примера, почему банки не проверяют квартиры, под которые выдают ипотечный кредит? потому они свои риски страхуют .т. е ни один банк не выдаст ни один ипотечный кредит без специальной страховки, причем платить за нее будете Вы, а нужна она банку. Посмотрите инфу по ссылке, там всё очень подробно об этом. По сути Вам нужно проверить следующее и начну с самого важного:
1. Удалялись ли когда-либо сведения на собственников квартиры из реестров ПНД/НД?
2. Проверка собственника на изменения им в прошлом каких-либо личных данных (например, фамилии)
3. Проверка собственника квартиры на возможное «банкротство», в соответствии с новым федеральным законом банкротстве номер 127 (ФЗ -127)
4. Были ли зарегистрированы в квартире когда-либо различные юридические лица (предприятия, фирмы.. ООО, ИП)?
5. Регистрационные пакеты или расширенная история перехода права собственности
6. Был ли использован в истории квартиры материнский капитал, субсидия и т. д.?
7. Полная история арестов, обременений и информационных запретов
8. Расширенная (полная) история зарегистрированных в квартире лиц с момента постройки дома
9. ПНД / НД на всех предыдущих собственников (супругов собственников*) и пользователей квартиры
10. История нотариальных бумаг за всю историю квартиры (согласия, доверенности, заявления, обязательства и т. д.)
По мимо этого есть целая куча еще разных доп. проверок, вроде БТИ, проверки паспорта, задолженности за коммунальные платежи и т. д. Причём, если это всё не проверить, спокойно спать Вам больше не придётся…
Я Вам рекомендую, посмотрите лекцию по ссылке, там всё это очень подробно расжовывается. Вы можете там же заказать отдельно все эти проверки, а сделку сделаете сами... это будет стоить копейки.