Что делать если я как собственник не согласна с устройством магазина на первом этаже многоквартирного дома ?

Вопрос интересный.
И так.. . Во-первых не ясно в чьей собственности находится помещение в котором располагается магазин.
Либо он находится в общей долевой собственности собственников квартир в многоквартирном доме в силу ч. 1 ст. 36 ЖК РФ, и в данном случае вопрос о строительстве и прочим использовании этого помещения решается на общем собрании членов (участников) ТСЖ, или общем собрании собственников жил. помещений (в случае самостоятельного управления собственниками) .
В случае если эти помещения были переведены из жилого фонда в нежилой в силу ст. 22, 23 ЖК РФ, в этом случае, собственность на них принадлежит бывшим собственникам квартир, и на это имущество ваши правомочия как собственника располагаться не могут.
Однако представляется, что жилой дом, мог изначально сдаваться с наличием на первом этаже здания нежилых помещений, которые застройщик или кооператив или иной посредник - собственник продал
другому юр. лицу.
В случаях когда, вы не имеете вещных прав на обусловленное имущество, вы им и распоряжаться не можете. Однако, в данном случае существуют иные средства защиты права.
Например, негаторный иск - защита права собственника не связанного с лишением владения (ст. 304 ГК РФ) , однако при этом необходимо доказать обстоятельства, которые создают существенные сложности при пользовании вашим имуществом, что, на мой взгляд, представляет проблему в данном случае.
Понимаете, возможно, кто-то вам подскажет обратиться в орган надзирающий за пожарной безопасности, или в орган осуществляющий санитарный контроль или тот который осуществляет контроль норм градостроительного процесса, однако данные меры, на мой взгляд, являются неэффективными, так как действие этих органов осуществляются самостоятельно и если уж они выдали разрешение на проведение определенных мероприятий, то будьте уверены, что там уже все проплачено.
Можно обратиться в прокуратуру, которая в силу ст. 10 ФЗ "О прокуратуре" обязано рассматривать обращения граждан по вопросам соблюдения законодательства РФ, которая и обязана проверить по заявлению соблюдение градостроительных, санитарно-эпидемиологических, пожарных норм. Однако боюсь, данная проверка будет проведена формально (исследоваться будут исключительно документы обусловленных государственных органов) .
Ну не знаю что ещё добавить.

Заявление в суд о нарушении права собственности.