В квартире прописано 3 человека, а в Службе Единого заказчика числится, что квартира пустая. Как быть?

Никак, меньше платить.

Никак. Служба единого заказчика - это еще что за зверь? Вы с ними договор заключали? Если нет - то тогда им ничем и не обязаны. И они вам тоже.

Занимает квартиру незаконно.
Квартира служебная. Была предоставлена челу и его семье на время службы. Чел съехал, возможно ему было предост. др. служ. жилье по новому месту службы, возможно по жил. сертификату ему предоставили жилье.
Освободившуюся служебную квартиру ведомство должно было предост. др. нужд. в жилье гражданам, кот. трудятся или проходят службу в этом ведомстве.
Если друг относится к этому же ведомству (служит, имеет труд. контракт) и не имеет иного жилья, то он может обратиться в это же ведомство, чтобы эта квартира была предоставлена ему по дог. найма.
Но похоже у друга есть иное жилье, раз он "успешно" сдавал долгое время не принадлежащую ему на правах собственности квартиру, не имея даже прав пользования по договору найма, чтобы в поднайм сдавать.
И похоже друг этот к этому ведомству никоим образом не относится, раз не знает куда именно обращаться.
Сделать запрос в Росреестр - получить выписку из ЕГРП о правах собственности на объект недвижимости (указать адрес этой квартиры) . Госпошлина 200 руб. Из выписки узнаете - кто собственник квартиры. И пойдете к этому собственнику - попробуете заявить о "своих правах".