может отец собственник квартиры выписать сына

если квартра муниципальная, а сын совершеннолетний не живет, не платит, есть шанс признать в суде его утратившим право на жилое помещение со снятием с рег. Учета

Если собственник, то квартира приватизированная. У вас скорее всего квартира муниципальная. В ней все зарегистрированные люди имеют равные права на проживание и на приватизацию. И отец не собственник.

Какой же он собственник, если квартира муниципальная? Совсем "ку-ку" что ли?

Нет, не может, т. к. собственником неприватизированной квартиры является ГОСУДАРСТВО. Ваш отец всего лишь квартиросъемщик, но никак не собственник.

совершеннолетнего - без проблем

У не приватизированной квартиры - собственник Муниципалитет, а он отцом никому не является.

Из муниципальной квартиры несовершеннолетнего ребёнка выписать очень проблематично, совершеннолетнего - только в случае если он там не проживает и не платит за комуналку

Желание отца снять с регистрационного учета сына, без его на то согласия, вполне понятно, это можно сказать "по-отечески". Незадача в том, что отец сам наниматель жилого помещения, а квартира является собственностью муниципальной, то есть, государственная она. Все наниматели жилого помещения имеют равные права и, если Договор социального найма оформлен на необычайно заботливого папу, который следит за своевременным снятием близких родственников с регистрационного учета, то пусть не радуется, потому что он (папа) никакого приоритета перед другими не имеет. А потому, стоит вздохнуть глубоко, побеседовать с "блудным сыном" и убедить в том, что приватизация, - когда бесплатно передают квартиру в собственность граждан - дело хорошее и весьма прибыльное, квартиры нынче дорогие. Так что приватизируйте, продавайте (всю, а не по долям) и разъезжайтесь по новым двум. Удачи!

может только в судебном порядке, и то по ряду оснований. В жилищном кодексе все прекрасно описано, посмотрите статью 35 ЖК РФ, и то доказать это надо будет, пользуется ли он жилым помещением, оплачивает ли счета и т. д.