Можно ли приватизировать квартиру без согласия прописанного в ней человека?

ЗАКОН РФ
"О ПРИВАТИЗАЦИИ ЖИЛИЩНОГО ФОНДА В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ"
от 04.07.1991 N 1541-1

Статья 2. Граждане Российской Федерации, имеющие право пользования жилыми помещениями государственного или муниципального жилищного фонда на условиях социального найма, вправе приобрести их на условиях, предусмотренных настоящим Законом, иными нормативными правовыми актами Российской Федерации и нормативными правовыми актами субъектов Российской Федерации, в общую собственность либо в собственность одного лица, в том числе несовершеннолетнего, с согласия всех имеющих право на приватизацию данных жилых помещений совершеннолетних лиц и несовершеннолетних в возрасте от 14 до 18 лет.

Мачеха права на приватизацию не имеет. ибо право однократное и она ранее его уже использовала. так что ее согласия на приватизацию не требуется.
Это нов. ред. в законе недавняя- в ред. Федерального закона от 16.10.2012 N 170-ФЗ)

Так что согласие только от тех лиц, кот. право на приватизацию имеют.
Если в этой муниципалке только двое нанимателей зарегенных- отец ваш и его мачеха, то согласие только вашего отца и нужно. пусть он и подает заявление на приватизацию.
Разумеется, представить доки нужно, что др. наниматель свое право на приватиз. уже использовал.

Если в конце 90-х во время приватизации ей было больше 18 лет, то её согласие не нужно

В вашем случае - её согласие не нужно. Она своё право уже использовала.

Не имеют права на повторное участие в приватизации те, кто уже воспользовался ею однажды, вне зависимости от срока давности.
Если мачеха уже приватизировала жилплощадь полностью или по долям, согласие на приватизацию вашей квартиры от нее не требуется, при условии, что она приватизировала жилье, будучи совершеннолетней, а значит не имеет права на приватизацию второй раз.
Наличие регистрации в квартире, значения не имеет. За ней сохраняется право пользования жилым помещением и не более.