Правомерен ли отказ в улучшении жилищных условий?

Правильно сделали.
14 июня 2006 года N 29
ЗАКОН
ГОРОДА МОСКВЫ
ОБ ОБЕСПЕЧЕНИИ
ПРАВА ЖИТЕЛЕЙ ГОРОДА МОСКВЫ
НА ЖИЛЫЕ ПОМЕЩЕНИЯ
Статья 9. Учетная норма площади жилого помещения
1. В целях установления уровня обеспеченности граждан общей площадью жилого помещения для принятия их на жилищный учет исчисляется размер площади жилого помещения, приходящейся на долю каждого члена семьи заявителя. Для определения размера площади жилого помещения, приходящейся на долю каждого члена семьи заявителя, определяется суммарная площадь всех жилых помещений или их частей, в отношении которых кто-либо из членов семьи обладает самостоятельным правом пользования либо правом собственности, и делится на количество членов семьи.
2. Не обладают самостоятельным правом пользования жилыми помещениями граждане, занимающие жилые помещения на основании договора поднайма, договора краткосрочного найма, а также граждане, пользующиеся жилыми помещениями в качестве временных жильцов.
3. Учетная норма устанавливается в размере 10 квадратных метров площади жилого помещения для отдельных квартир.
4. Учетная норма устанавливается в размере 15 квадратных метров площади жилого помещения для квартир, жилые помещения в которых предоставлены по решениям уполномоченных органов исполнительной власти города Москвы разным семьям.
5. Жители города Москвы, проживающие в общежитиях коридорной системы по месту жительства на законных основаниях не менее 10 лет, принимаются на жилищный учет при условии соблюдения положений статей 7 и 8 настоящего Закона. (часть пятая в ред. Закона г. Москвы от 18.06.2008 N 24)
6. При определении числа проживающих в жилом помещении учитываются граждане, за которыми сохраняется право пользования им на срок их временного отсутствия.
7. Граждане, для которых занимаемые жилые помещения являются местом пребывания, в число проживающих в жилом помещении не включаются.

Балконы и лоджии уже давно (лет 8) выведены из учета общей площади. Если это - единственная причина, то отказ неправомерен.

Отказ правомерен. Попытайтесь из БТИ пригласить сотрудника для замера размеров площади квартиры - может удасться чуть-чуть её уменьшить.