я заменил окна в мунеципальнои квартире, могу я их стоимость перевисти в квартплату

нет

Нет. Вас никто не просил заменять окна. А если вы у себя в квартире золотой унитаз поставите, вам его тоже должны оплатить?

квартплата сама по себе, а замена окон - сама по себе.... а вот в счет аренды за муниципальное жилье - пробуй... может и пойдут навстречу...

Муниципалитет с вами не согласится.

на языке юристов это называется зачет встречных однородных требований.
теоретически такая возможность есть.
для этого нужно получить либо согласие собственника на установку, или доказать, что замена требовалась, но ее не сделали.
ГК РФ
Статья 397. Исполнение обязательства за счет должника
В случае неисполнения должником обязательства изготовить и передать вещь в собственность, в хозяйственное ведение или в оперативное управление, либо передать вещь в пользование кредитору, либо выполнить для него определенную работу или оказать ему услугу кредитор вправе в разумный срок поручить выполнение обязательства третьим лицам за разумную цену либо выполнить его своими силами, если иное не вытекает из закона, иных правовых актов, договора или существа обязательства, и потребовать от должника возмещения понесенных необходимых расходов и других убытков.

Нет не можете, т. к. это ваша личная инициатива. Если бы вы вызвали УК и указали бы им на ветхоть и изношенность окон, то они бы провели осмотр, сделали бы заключение и если бы окнам требовалась замена, был бы составлен акт и вам бы эту работу произвели. Поскольку вы решили сменить окна самостоятельно без предписаний и составлений акта на изношенность, то это за ваш счет.