Субсидия на жильё военнослужащим.

Пусть себе и покупает в собственность на свою субсидию (если действительно ему дадут субсидию).
У кого в трешке еще 2/3 доли в собственности?
В трешке этой в реале живете с детьми?
Можете потом, если хотите вместе жить - продать его квартиру и вашу долю в трешке и купить вам и ему в долевую собсвтенность отдел. квартиру и жить вместе.
Или он поменяет свою однокомн. квартиру на 2/3 доли в квартире, где у вас есть 1/3 доля, и будете в трешке этой вместе дальше жить.
При этом жениться и дальше не обязательно, и тем более, - ему усыновлять ваших детей.
-------------
Если жениться и усыновить, то он и 3 члена семьи- жена и двое детей, тогда учит. и жилые помещ, наход. на правах собств. у членов семьи. т. е вашу 1/3 долю учтут.
пример расчета http://mil.ru/dgo/subs/predostavlenie/raschet.htm
т. е ему одному как одинокому на 33 м субсидию.
Если вас 4 чела, то по 18 м на каждого, это 72 м, минус 21,8 м жены на правах собственности=50,2 м на семью из 4 челов расчет субсидии, это больше, чем 33 м ему одному.
Еще неизвестно, у сожителя вашего есть что на правах собств. или по соцнайму, то тоже вычтут.
Ну придется ему после заключения брака и усыновления детей- вносить изменения в свое учетное дело- добавлять жену и детей, и сведения подавать об их имуществе.
Неизвестно, где он живет/зареген в н. в., когда один состоит на жилучете (по какому конкр. основанию по ст. 51 ЖК РФ его ставили на учет),
если его вселите в трешку, где живет жена, после заключения брака в качестве члена семьи собственника, то по др. будут считать жилищ. обеспеченность его и членов семьи.

Так ли. Посчитают всю жилплощадь и может ничего не получить

Ваши опасения оправданы! Мужу не стоит афишировать про семью...