Покупка комнаты и материнский капитал.

в первом вопросе - нет, не будет
во втором случае - как он умудрился стать собственником?

"Собственник покупал эту комнату, для своей матери, выступая в роли доверенного лица. Нет-ли тут "подводных камней"?"
Для какой матери? На МК покупают жилье для семьи. Детям доли выделены?

Криминала не должно быть. Возьмите у него по этому поводу дополнительную расписку написанную в присутствии не менее двух лиц.

С комнатами всегда возможны "подводные камни". Продать комнату, купленную за мат. капитал, можно только с разрешения опеки. Раз комната продана, значит разрешение было. Помимо воли доверенного лица, это бред. Если это бабка какая нибудь, справку из психдиспансера у нее возьмите, а то потом заявит, что продала помимо собственной воли или заверяйте догоаор у нотариуса.
Комнаты опасны тем, что там часто собственники меняются, всякие уголовники, которых незааонно снимаютс регистрации, и т. д. Короче потом удут еще судиться и нервы мотать . Студия в28 кв. м. на стадии строительства и не дороже и безопаснее и удобнее.

Маткапитал ничего страшного не несет. Собственность, приобретаемая с участием маткапитала, фактически долевая, т. к. разделяется между членами семьи. Как там один собственник?

Смотрите, здесь Вам нужны серьёзные проверки объекта… для проверки квартиры Вам нужны проверки через, так называемые, "каналы" в кое-каких "структурах", которые я называть не буду. Достать их могут не все риэлторы и не все агентства. 90 % риэлторов и юристов проверяют по обычным справкам, от которых, по сути, нет никакого толку… вроде ЕГРН, так называемых «архивок», справок ПНД, выписок из дом. книги и т. д…. Всякие банки, нотариусы, МФЦ и прочие не проверяют квартиры вообще, а задача риэлтора от продавца «впарить» Вам квартиру – ему за это продавец платит деньги, Ваша же задача найти все спрятанные в квартире изъяны. Для примера, почему банки не проверяют квартиры, под которые выдают ипотечный кредит? Потому что они свои риски страхуют .т. е ни один банк не выдаст ни один ипотечный кредит без специальной страховки, причем платить за нее будете Вы, а нужна она банку. Посмотрите инфу по ссылке, там всё очень подробно об этом. По сути Вам нужно проверить следующее и начну с самого важного:
1. Удалялись ли когда-либо сведения на собственников квартиры из реестров ПНД/НД?
2. Проверка собственника на изменения им в прошлом каких-либо личных данных (например, фамилии)
3. Проверка собственника квартиры на возможное «банкротство», в соответствии с новым федеральным законом банкротстве номер 127 (ФЗ -127)
4. Были ли зарегистрированы в квартире когда-либо различные юридические лица (предприятия, фирмы.. ООО, ИП)?
5. Регистрационные пакеты или расширенная история перехода права собственности
6. Был ли использован в истории квартиры материнский капитал, субсидия и т. д.?
7. Полная история арестов, обременений и информационных запретов
8. Расширенная (полная) история зарегистрированных в квартире лиц с момента постройки дома
9. ПНД / НД на всех предыдущих собственников (супругов собственников*) и пользователей квартиры
10. История нотариальных бумаг за всю историю квартиры (согласия, доверенности, заявления, обязательства и т. д.)
По мимо этого есть целая куча еще разных доп. проверок, вроде БТИ, проверки паспорта, задолженности за коммунальные платежи и т. д. Причём, если это всё не проверить, спокойно спать Вам больше не придётся…
Я Вам рекомендую, посмотрите лекцию по ссылке, там всё это очень подробно расжовывается. Вы можете там же заказать отдельно все эти проверки, а сделку сделаете сами... это будет стоить копейки.