2 тупых вопроса про прописку/регистрация.

У Вас постоянное место проживания в неком жилом помещении в Орле (то, что Вы называете "штамп в паспорте"), насколько это можно понять.
При этом Вы временно там отсутствуете, ибо пребываете в СПб (работа, например, или учеба...) где совершенно правильно и зарегились по месту пребывания (то, что Вы называете " бумажка с временной регистрацией") в неком жилом помещении (жилое помещ. по дог. найма например), в кот. фактически вселились и проживаете.
Вы все правильно сделали.
Вам не нужно сниматься с регистр. учета по месту жительства из жилого помещения в Орле.
Вот если Вы смените место жительства, окончательно в СПб переселитесь, например купите жилое помещение в собственность, в нем и зарегитесь по месту жительства, при этом Вас снимут с регистрац. учета по месту жительства в жилом помещении в Орле.
---------
Т. е можно быть зарегенным по месту жительства в одном жилом помещении
и при этом одновременно быть зарегенным по месту пребывания в др. жилом помещении.
Отсюда и ответы на Ваши вопросы:
1. Нужно зарегиться по месту пребывания, если более 90 дней.
2. Не нужно при этом сниматься с рег. учета по месту жительства.

1. Нет. Более того - невозможно оформить регистрацию в населенных пунктах РФ. Хоть город, хоть ПГТ, хоть поселок.
2. У граждан РФ нет обязанности сниматься с рег. учета, они обязаны лишь подавать заявления на регистрацию по месту жительства и пребывания.
Вопрос каждый раз не в ту категорию пихаешь. Регистрация не относится к жилищному праву.

Постоянную регистрацию по месту проживания НЕ затрагивай.. по месту пребывания более 90 дней надо зарегистрироваться.. № 376 - ФЗ..

1 да 2 нет

Если Вы находитесь в пределах одного региона, регистрация не нужна!
Если Вы в другом регионе то временная регистрация нужна, но выписываться по основному месту жительства не обязательно.