В ДДУ общая долевая, в свидетельстве - общая совместная. Несоответствие?

На самом деле, в Вашем случае, ошибочны данные повторного Свидетельства о гос. регистрации права собственности на эту квартиру, т. к. они НЕ соответствуют даннвм ПРАВОУСТАНАВЛИВАЮЩЕГО документа, каковым является ДДУ.
Супруги, в период брака приобретающие какое -либо имущество, в т. ч. и объект жилой недвижимости, вправе приобретать его не только совместную собственность (без определения долей), но и в общую ДОЛЕВУЮ собственность!
На что они и выразили свою волю, подписав указанный ДДУ.
Что касается возможной приостановки регистрационных действий при продажи такой квартиры, важно продается ли она в собственность одного или нескольких лиц.
Если . Вашим покупателем является ОДНО лицо, и приобретаемая квартира переходит в его единоличную собственность (утрачивая статус ОБЩЕЙ собственности), то ...ошибочность в предыдущих записях ЕГРН (ранее ЕГРП) и может быть признана Росреестром и НЕ существенной.
И даже в худшем случае, отказ в гос. регистрации перехода права собственности к покупатели, может быть легко преодолен в судебном порядке!
Удачи...

Квартира в ипотеку?

Где вы все находите эти агентства?
Различие в основном состоит в том, что в совместной собственности доли фактически не выделяются (и условно делятся поровну на обоих супругов), а при долевой наоборот - выделяются конкретные доли. Но если выделенные доли по ДДУ у каждого из супругов по 1/2 - кто видит в данном случае разницу между общей долевой и совместной собственностью? Только юристы из агентства...