Как правильно должны вести учет расходования воды по счетчику работники ЖКХ?

Как должны вести учет расходования воды работники ЖКХ надо смотреть Постановление Правительства Российской Федерации от 23 мая 2006 г. № 307 г. Москва "О порядке предоставления коммунальных услуг гражданам"

Если их расчёты соответствуют формулам (см. ниже) , то всё правильно.
Если нет, а с Ваших слов похоже, что нет, то обращайтесь в жилищную инспекцию и Роспотребнадзор.

Правила предоставления коммунальных услуг гражданам

23. При оборудовании многоквартирного дома коллективными (общедомовыми) приборами учета и оборудовании частично или полностью индивидуальными и (или) общими (квартирными) приборами учета размер платы за коммунальные услуги, потребленные в жилом помещении, оборудованном указанными приборами учета, определяется:
а) для холодного водоснабжения, горячего водоснабжения, газоснабжения и электроснабжения - в соответствии с подпунктом 1 пункта 3 приложения № 2 к настоящим Правилам;

3. При оборудовании многоквартирного дома коллективными (общедомовыми) приборами учета и отдельных или всех помещений в многоквартирном доме индивидуальными и (или) общими (квартирными) приборами учета размер платы за коммунальные услуги в жилом помещении определяется в следующем порядке:
1) размер платы (руб. ) за холодное водоснабжение, горячее водоснабжение, газоснабжение, электроснабжение в помещениях, не оборудованных приборами учета, определяется по формуле 3, а в помещениях, оборудованных приборами учета, определяется по формуле:
(9) =VD/(Vn.p+Vn.n )*Vi.p*Тky
где:
VD - объем (количество) коммунального ресурса (холодной воды, горячей воды, газа или электрической энергии) , фактически потребленный за расчетный период, определенный по показанию коллективного (общедомового) прибора учета в многоквартирном доме или в жилом доме (куб. м, кВт. час) ;
Vn.p - суммарный объем (количество) коммунального ресурса (холодной воды, горячей воды, газа или электрической энергии) , потребленный за расчетный период в помещениях, оборудованных приборами учета (за исключением помещений общего пользования) , измеренный индивидуальными приборами учета, а в коммунальных квартирах - общими (квартирными) приборами учета (куб. м, кВт. час) ;
Vn.n - суммарный объем (количество) коммунального ресурса (холодной воды, горячей воды, газа или электрической энергии) , потребленный за расчетный период в помещениях, не оборудованных приборами учета, определенный исходя из нормативов потребления коммунальных услуг по формулам 1 и 3 (куб. м, кВт • час) ;
Vi.p - объем (количество) коммунального ресурса (холодной воды, горячей воды, газа или электрической энергии) , потребленный за расчетный период в j-том помещении, оборудованном прибором учета (за исключением помещений общего пользования) , измеренный индивидуальными приборами учета, а в коммунальных квартирах -общими (квартирными) приборами учета (куб. м, кВт. час) ;
Тky - тариф на соответствующий коммунальный ресурс, установленный в соответствии с законодательством Российской Федерации (для холодного водоснабжения, горячего водоснабжения, газоснабжения и водоотведения - руб. /куб. м; для электроснабжения -руб. / кВт. час) ;