Квартира муниципальная,мой отец хочет зарегистрировать временно свою сожитильницу и ее сына,как обезопасить себя.

Согласно ст. 80 ЖК РФ Наниматель жилого помещения по договору социального найма и проживающие совместно с ним члены его семьи по взаимному согласию и с предварительным уведомлением наймодателя вправе разрешить безвозмездное проживание в занимаемом ими жилом помещении по договору социального найма другим гражданам в качестве временно проживающих (временным жильцам) . Наймодатель вправе запретить проживание временных жильцов в случае, если после их вселения общая площадь соответствующего жилого помещения на каждого проживающего составит для отдельной квартиры менее учетной нормы, а для коммунальной квартиры - менее нормы предоставления.
Срок проживания временных жильцов не может превышать шесть месяцев подряд.

Нужно согласие всех проживающих, и Ваше тоже. По окончании срока регистрации их права на проживание прекращаются

Если Вы зарегистрированы (прописаны) в этой квартире, то не давайте согласие на их регистрацию. Этим Вы обезопасите себя от появления в Вашей квартире жильцов, которые будут иметь равные с Вами права пользования ВСЕЙ квартирой, и которых выселить будет невозможно, даже через суд.

Не давайте согласия на их регистрацию, потом не выгоните...

От чего обезопасить? Квартира муниципальная, трудно потерять то чего нет.

Он не сможет прописать (даже временно) без вашего согласия. и ни каких прав на муниципальную квартиру ни у кого нет

ну если временно, то бояться нечего

Была бы приватизированная, то да! А у вас муниципальная и бояться нечего, всё равно не смогут приватизировать без вашего согласия!