Работник не появлялся три месяца на работе.

Между "пришёл " и повесткой о не выдачи трудовой сколько прошло времени? Пришёл, вручили и тут же уволили за прогулы. Что вы сделали не так ?

не вздумайте увольнять работника "задним числом" и отдавать ему трудовую книжку, а на запрос суда подготовьте пакет документов из которых будет видно, что с работником заключен бессрочный трудовой договор, с заявлением об увольнении работник к вам не обращался, в табелях учета рабочего времени стоит "НН", имеются докладные записки от непосредственного руководителя о том, что работник отсутствует на рабочем месте, составлены соответствующие акты об отсутствии и на работе и об отказе от дачи объяснений. к документам приложите пояснительную записку, где укажите, что у вас не было оснований выдавать работнику трудовую книжку, т. к. по сей день он не является уволенным.

если дело дошло до суда - идите и судитесь...
судья вам определит статью, по которой увольнять будете... или самим штраф платить...
а пока документики в порядок приведите... чтоб без помарок, подчисток и задних чисел..

ну и хорошо, что числится. в суде и объясните, что ждете от работника больничный, например. вы его не увольняли.

В суд предоставить: ТУРВ с отметками НН, акты об отсутствии, акт о непредоставлении объяснительной и объяснение руководителя, что заявление на увольнение от этого товариСЧа не поступало. Его в суде пошлют лесом. После этого - со спокойной совестью можно его будет уволить за прогулы (заявление о пересылке трудовой книжки по почте и расчета на карту лучше с него взять прям в суде).

Составьте приказ, подпишите задним числом и увольте. Такую ситуацию не стоило допускать, но сейчас остается только уволить и сделать это проще, когда есть причины.

сами виноваты, вы что три месяца делали ждали пока он выйдет на работу?

Если он числится, то нет основания выдавать трудовую книжку)) Он ведь является работником до сих пор? хорошо, если он написал объяснительную. Если у вас толковые юристы, то они смогут доказать, что до сих пор работающий сотрудник не может претендовать на трудовую книжку. Если у работника будет обоснованная уважительная причина отсутствия, то уволить его по суду трудно, надо смотреть причины. Если хотели бы уволить за длительный прогул, до приказа вы должны были ему письмо выслать, заказное с уведомлением и описью вложения, где должен был быть запрос о причинах отсутствия его на рабочем месте. Иногда надо подстраховаться и разыскивать человека с сотрудниками сб, иногда заявить об отсутствии в структуры мвд.