Какой смысл в древности был заложен в слова, впоследствии названными матерными?

На самом деле три кита великого и могучего (я имею ввиду три основы, на которых зиждится язык Пушкина, Толстого и Достоевского) были табуированы Православной Церковью, как и все имевшее отношение к сексу. Понятно, что неприличными эти слова были задолго до этого и, скорее всего, имели сакральное значение - язычество, как известно, было религией с обширным культом плодородия, который охватывает и фаллический культ, и культ Матери-Земли, отсюда оскорбление матери = оскорбление продуктивных сил природы, считавшееся самым страшным.
Что касается лингвистической стороны вопроса, то тут в общем все достаточно ясно - наши любимые слова не пришли к нам из тюркских языков, а являются исконными:
протоиндовропейская основа *bhlond-/bhlend- со значением 'неясно мерцать' превратилась в праславянскую основу *bl'ad-/bl'ud-, из которой в старославянском образовался такой глагол как "bl'aditi" -'заблуждаться, ошибаться', который в древнерусском имел форму "bl'asti", от этого глагола образовались в разное время два существительных посредством различных типов чередования - "блуд" ('заблуждение, ошибка, грех') и второе, которое я не печатаю, так как цензура его не пропустит, но которое до правления Анны Иоанновны было совершенно печатным и часто встречается, например, в старобелорусских текстах, в том числе и художественных.

Это инфернальная лексика, апеллирующая к "низовым" (ниже пояса, как говорят) структурам, темным силам.

Этими словами отгоняли злых духов и всякую нечисть.