Воевали ли казаки за красных в гражданской войне в России?

В общем, нет, сначала они были верны присяге царю, позднее создали свою республику - Донская республика, потом конечно присоединились к большевистской власти. Все репрессии направленные на казаков были из-за этого непризнания в первые годы. Почитайте книгу :Трут Владимир - "Дорогой славы и утрат. Казачьи войска в период войн и революций"

Щорс, например

или вот:
1-я Украинская повстанческая дивизия (в конце сентября 1918г. — 6700 штыков и 450 сабель) имела в своём составе:
1-й полк Червоного казачества — атаман Примаков В. М. (до ноября 1918г. , затем полк включен в состав 2-й Украинской повстанческой дивизии) ;
2-й повстанческий Таращанский полк (1 000 человек) — атаман Баляс В. С. (позже Барон М. , затем Боженко В. Н.) ;
3-й повстанческий полк имени Богуна (с ноября 1918г. — 1-й Богунский) (1 000 человек) — атаман Щорс Н. А. ;
3-й повстанческий Новгород-Северский полк (1 000 человек) — атаман Черняк Т. В. (сформирован в ноябре 1918г.) ;
4-й повстанческий (в октябре 1918г. переименован в 6-й повстанческий) полк — до октября 1918г. атаман Кисель Я. А. ;
4-й повстанческий Нежинский полк — атаман Несмеян П. (с ноября 1918г.) ;
5-й повстанческий полк (фактически — рота охраны 700 человек) ;
6-й повстанческий полк — в октябре-ноябре 1918г. атаман Черняк Т. В. (в ноябре 1918г. полк включен в состав 2-й Украинской повстанческой дивизии) ;
1-й лёгкий артдивизион (14 орудий) — атаман Хомиченко (с ноября 1918г.) ;
штабные и тыловые части и подразделения.

почти всё кубанское казачье войско прогнулось под красную армию.

все воевали против всех, на то она и гражданская война