Почему у солдат в начале войны не было автоматов, а только винтовки в 41 году?

Это кино.
В начале войны автоматов, вообще, было не так уж много. Доктрина была такова, что основным оружием пехоты являлись винтовки, во взводах могло быть только несколько автоматчиков, как дополнительная сила. Т. е. к автомату относились как к небольшому пулемёту: не вооружать же каждого солдата пулемётом (хотя в 30-ые такая идея были у французов, но получилась фигня) .

У немцев тогда уже были некоторые подразделения, целиком состоявшие из автоматчиков, но их было мало и они использовались как спецназ для достаточно специфических целей.

Короче говоря: это киноусловность. Просто так уж повелось в массовой культуре: в начале войны советские солдаты идут в шинелях, под косым дождём и с винтовками, а немецкие - в рубашках с закатанными рукавами, на мотоциклах и с автоматами :))
На самом деле, основным оружием немецкой пехоты тоже была винтовка. Маузер 98k.

Тогда и танки были деревянные

были, но не столько сколько автоматоа. винтовки Мосина наклепали в непомерных количествах еще при царе, что аж на две войны хватило

основное оружие пехоты тогда была винтовка, у которой дальность поражения 1000-1500 м. против 300 м у автоматов тех времен
автомат (или пистолет-пулемет как тогда говорили) считался полицейским оружием, нужным только для уличных боев
фактически самым эффективным оружием для полевых боев Второй Мировой были самозарядные винотовки, такие как американская М1 Гаранд, немецкая Гевер 41
и у СССР такие были - Cвт-40, АВС, даже послевоенный АК-47 это не автомат в чистом понимании, а штурмовая винтовка
проблема в том, что много современного оружия было потеряно в котлах и отступлениях 41-го, и пришлось снабжать войска тем, что оставалось

Меньше смотрите дурацких фильмов от наших кило-мэтров режиссуры, вроде Никиты. У немцев в начале войны автоматы были только у командиров отделений (т. е. унтер-офицеров) , и то на передовой, у остальных - винтовки "маузер".
Уже в 42-м они меняли свои пукалки 38-40 на ППШ при первой возможности, к 43-му году преимущество РККА в разовом залпе стало подавляющим - винтовки практически остались только у поваров, ездовых да у снайперов. Тесть рассказывал о случае, когда осенью 43-го ночью под дождем отступающие немцы сошлись с их наступавшим полком вплотную на сближавшихся к развилке дорогах. Поняли что-то, когда между двумя полками в походных колоннах было метров 20. Немцев в минуты снесли с дороги напрочь автоматным огнем, полк просто перестал существовать, даже не успев рассредоточиться:

«Ночь, наступленье, лесные дороги;
Дождь надоедливый глушит шаги,
Вязнут в грязище гудящие ноги,
Где-то уходят на запад враги…
Рядом к развилке выходит грунтовка,
Слышен соседней колонны подход.
Их пропускать – значит, нам остановка:
Каждый пытается выйти вперед.
Встали полки, метров двадцать меж нами;
Вдруг в авангарде – пальба. Чудеса!
Это нас немцы на драпе нагнали,
Топали рядом почти полчаса…
В жизни впервые я видел такое:
Сотни стволов раскаленных – в упор;
Били из пушек наводкой прямою,
И в рукопашной закончили спор.

***

Долго потом вспоминал в лазарете,
Перебирая уже не спеша,
Грохот, и трассы, и всполохи эти,
В луже шипенье ствола ППШ… »

На фото - немец с ППШ. Так чье оружие лучше?

В начале войны и винтовки были не у каждого, а не то что автоматы.

ППШ - пистолет-пулемет Шпагина не единственный автомат, бывший на вооружении СА в годы войны. Были также ППС- Судаева, ППД - Дегтярева и др. Основная причина, по которой они не стали массовыми - большой расход патронов. ППШ называли также Пожиратель Патронов Шпагина. 72 патрона из диска он выстреливал при скорострельности 800 выстрелов/мин за 5,5 секунд. Но в сравнении с немецким МП43 и американским Томпсоном, это было и самое мощное оружие. В фильме "Сталинград 1942", снятом на западе, показано, как немецкие солдаты меняют свои МП-шки на ППШ

ППШ были, но их было очень мало. Винтовка считалась основным видом огнестрельного оружия пехоты. В том числе, и немецкой. У них основным оружием был карабин к98.