почему новгородцы не хотели входить в состав Российской Федерации при Иване Грозном?

На Москве и прочих княжествах в это время впервые зарождался настоящий феодализм, хотя в Западной Европе он уже стал рушиться. Европа достигла вершины развития абсолютизма в в монархической, так и в церковном власти. Лютер перевел Библию на народный язык и понимание религии стало другим. У монастырей стали отбирать землю, горожане стали организовывать муниципальную власть и даже коммуны на основе гражданских кодексов. Правда, возникло такое разнообразие религиозный и политических течений, что между ними проявилась немалая вражда.
И вот Европа уже стала освобождаться от феодализма (хотя появились рабы из Африки), а Русь только собралась строить Феодализм.
Естественно, это не понравилось образованным, свободным, политически подкованным новгородцам. Иван Грозный был царем помазанником, который должен был объединить и царскую и церковную власть. Но в церковном смысле не проявил себя, зато через некоторое время Романовы с участием Никона установили полное рабовладение на Руси.
Бояре целовали руки Никону, дали ему крат-бланш для любых действий и клятву верности, и попали в рабы. Никон фактически правил страной.
Казнить можно было любого брата-христианина как врага.. Наступила эпоха цареубийств и заточений неугодных цариц навечно в монастырях. Новгородцы чуяли - век свободы не видать. получилось - 3 века.

они хотели сразу в Советский Союз.

ну кто же захочет из независимой республики идти в подчинение тирану-убийце!

Однополые браки Грозный не разрешал, хоть и любил это дело.

а щас желеют!

а какие плюсы им это давало? Жили себе спокойно самостоятельно, а тут прискакал "умник" и заявил: будете мне подчиняться, платить дань и вообще жить так как я вам прикажу.

Может потому, что Российской федерации тогда не существовало?

Федерации тогда не было, потому и не хотели. Одно дело быть Новгородской автономной республикой в составе Русского царства, и совсем другое - быть какой-нибудь Кемской волостью.

У Иоана Грозного не было понятия: "не хочу" или "не могу". Он по принципу: не можешь - заставим! Не хочешь - заставим!