Какие минусы есть у реформ Ивана IV (Грозного)

Минусы есть. Оговоримся для начала, что реформы проводил не Иван Грозный а так называемая "Избранная рада" и коллективное боярское руководство. Когда Грозный пришел к реальной власти то те, кто делал реформы, жестоко за это поплатились (и все пошло к чертям собачьим). Военная реформа не смогла создать армию, которая была бы способна противостоять армиям западных стран в полевом сражении. В этом и заключался ее главный минус. Пресловутых стрельцов хватало на 1-2 залпа, потом они откатывались назад (при этом стрелецкое войско и унифицированная артиллерия очень хорошо проявили себя на востоке - против Казанского и Сибирского ханств и при завоевании Сибири в целом). Причины заключались в том, что стрельцы в сущности были не профессиональными солдатами, а ополченцами, в мирное время они занимались торговлей и др. Местничество было не отменено, поэтому командовали не наиболее способные, а те, кто "имел право" на пост ввиду того, что на этом посту находились его предки. Устоявшейся структуры военных подразделений не было, с ручным оружием тоже было не очень хорошо.
Церковная реформа привела к тому, что церковь стала унифицированной и нетерпимой к малейшим отклонениям. Это проложило путь к дальнейшим проблемам - Расколу, сжиганию еретиков и др.
Губная реформа с одной стороны повесила на население дополнительные расходы по содержанию якобы "самоуправления", а с другой стороны - не дала этому самоуправлению должной власти.
Судебная реформа закрепила инквизиционную форму судопроизводства. Это когда и обвинение и суд - в одном лице, а обвиняемый обязан доказывать свою невиновность. Этим я думаю все сказано.