У России были колонии?

Конечно.
Собственно, вся Сибирь была колонией. Не надо думать, что колонии обязательно где-то за дальними морями. Колонии - это то, что удалось заграбастать и где удалось установить свои порядки. Откуда можно высасывать в метрополию разные вкусняшки.
Это ж пошло ещё с древнеримских времён - колонии Рима территориально соседствовали с центральной частью. И с этой точки зрения Сибирь была самой настоящей колонией. Колонией была Польша. Колонией был Кавказ (который Россия присоединила к себе после довольно долгой войны). Строго говоря, даже Новгород, Астрахань, Казань - тоже колонии, потому что были захвачены Москвой силой. Новгород - при Иване III, Казанское и Астраханское ханства - при Иване IV. Потом, с течением времени, это, что называется, "заиграли", а то, что в Новгороде тоже жили такие же славяне, как и в метрополии, привело к полной интеграции захваченного княжества с центральной властью.

Нет

Да, у Российской Империи были.

Не было.

Это как посмотреть. Европейцы считали колониями России окраины Российской Империи, с их точки зрения оных у России было просто до хрена.
Если же смотреть с точки зрения, а что же такое колонии в классическом европейском понимании - то таких у России не было вообще. В европейском понимании - колонии - это полностью подконтрольные какой-либо стране (метрополии) территории, используемые ею для монопольной выкачки ресурсов и монопольного же рынка сбыта. Сейчас в оной роли находятся практически все государства восточной Европы включая отколовшиеся от СССР прибалтийские республики, Молдавию, остатки Украины.
Россия же свои подконтрольные территории старалась развивать, приносить туда промышленность, инфраструктуру и прочие полезные вещи, которыми классические метрополии никогда не заморачивались.

Аляска, Форт-Росс и Квантунская область, да и к Корее с Монголией Империя руки тянула, но япошки с большевиками их подрубили