Почему изолированная Япония смогла тягаться с европейцами, а индейцы Америки — нет?

уровень развития к моменту встречи с миром был разным

На малых материках и островах эволюция и цивилизация имеют замедленное развитие. Поэтому, пока развитие транспорта было слабым, и Америка и Япония отставали от Евразии в уровне развития.

Но как только транспорт достиг развитого уровня, изоляция Америки и Японии исчезла, и они "мгновенно" подтянулись до цивилизации Евразии.

Единственный нюанс: в Америке построили цивилизацию не индейцы, подавленные многотысячелетней изоляцией, а приезжие европейцы. Также как и в Японии цивилизацию построили не айны, а пришлые китайцы.

Японцы на стеклянные бусы не купились. Пришлось ядрëнными бомбами долбить.

Япония на момент контакта с европейцами была цивилизованной страной, где было государство, города и т.д., а североамериканские индейцы жили в каменном веке. Что касается более продвинутых южно-американских индейцев, у которых тоже были города и цивилизации, то у них у всех был дурацкий обычай совершать человеческие жертвоприношения. Как только пришли испанцы - их католическая церковь выступила против человеческих жертвоприношений. И население стало активно принимать христианство и отказываться от своей культуры - лишь бы в жертву не принесли! И цивилизации в итоге рухнули...

Вы еще со нганасанами японцев сравните...

посмотрите хорошее кино )
Последний самурай

Они придумали синию изоленту

У них была возможность изолироваться из-за большой численности населения, удаленности, наличия развитой аутентичной культуры. Плюс, в японском обществе уже было два самостоятельных социальных класса (военные и торговцы-промышленники) которые могли взять на себя управление нацией в трудный период.
Но, вообще, это на японцах положительно не сказалось, от изоляции и постоянного противостояния чужакам они стали совсем долбанутыми.