Хотелось бы поехать в Прагу на выходные.

Чехия вообще и Прага в частности - это направление, весьма популярное у наших туроператоров, здесь очень велика конкуренция, а потому и цены на готовые туры меньше, чем обойдется аналогичноя поездка, организованная самостоятельно.
Смысл ехать в Чехию самостоятельно есть тогда, когда Вы сами себе организуете маршрут, которого нет в программах туроператоров. Обычно так поступают люди, которые уже неднократно в Чехии были и хотят побывать в местах, которые в стандартных турах отсутствуют.
Цены на стандартные туры можно посмотреть тут http://www.amigo-tours.ru/czechia/index.html
Конкретно тур выходного дня:
http://www.amigo-tours.ru/main/item.html?id=11440

конечно можно самим- отель возьмите ближе к цетру- и без проблем- но два дня для такого сказочного города -ничто! больше на дорогу потратите- недельный тур брала и то минимум увидели!

И в чем проблема?

Именно ТАКИЕ поездки экономически НЕ выгодны : денег потратите, может быть, ЧУТЬ меньше, чем на стандарт (8/7), а увидите ФИГ да МАЛЕНЬКО. Я вАще молчу, про съездить куда-то ещё, кроме Праги, её саму толком посмотреть НЕ успеете.. . Гораздо гораздей будет ехать на полноценный стандарт...

Мы брали 4 дня на двоих через тур фирму, обошлось в 38 тыс.

брали через турфирму на неделю со всеми экскурсиями + отель в самом центре города + самолет и всё остальное = на двоих около 50 тыс получилось
если на самолете, берите через турфирму - проблем меньше, на поезде/на машине - можно и самим. самим вообще будет дешевле, хотя намного или нет, зависит от ситуации