Перелетая по странам Шенгена, можно ли брать рейсы, где время пересадки - 1 - 1,5 часа? Этого хватит чтоб зарегистриров

Если летите по единому билету одной акомпании, когда стыковки рейсов они сами организовывают при продаже билетов - ноу проблем Регистрироваться на оба или более рейсов и оформлять багаж до конечной точки стоит в ап вылета
Если стыковки делаете сами даже покупая билеты одной акомпании - определенный риск существует

Я в Вене пересаживалась за 30-40 минут, учитывая, что там надо было весь терминал пробегать, но я часто летаю.
Регистрироваться никому не надо, для транзита отдельный коридор. Задача только пройти паспортный контроль и контроль безопасности. Пересадочников обычно ждут, но 1,5 часа это ещё много времени)

Я бы не сказала, что для пересадки в Цюрихе и Вене хватит 40 минут, очереди на паспортном контроле и контроле безопасности и там огромные (особенно летом, возможно, не в сезон - поменьше)
Еще надо успеть найти свой терминал вылета и добежать туда :-))
Минимум 1,5 часа надо иметь в запасе, а то и побольше

это всё зависит от конкретных рейсов и портов стыковки
для Цюриха или Вены 40 минут за глаза, если багаж получать-сдавать не надо
для Лондона или Франкфурта и трёх часов может не хватить
это для примера

если у вас регистрируемый багаж, то шансы что его не смогут вовремя перегрузить и отправить вашим следующим рейсом при короткой стыковке (менее полутора часов) - достаточно высоки.
поэтому лучше выбирать стыковки в 2-3 часа.