Помогите с самостоятельным маршрутом достопримечательностей Питера и ценами на них (если не в общем доступе)

Посмотреть из малоизвестного, но достойного внимания-
1)Покровская церковь ("Питерские Кижи") в Невском лесопарке.
2)Музей воды (кроме башни)
3)Фонд-хранилище Эрмитажа (в Старой деревне) (По предварительной записи)
4)Парк 300-летия Петербурга (погулять по берегу Финского залива, виды. Не помешает бинокль)
5)Дамба и Кронштадт (Православным- Квартира Иоанна Кронштадского)
6)Музей связи им. Попова.
7)Музей истории Петербурга -Ленинграда (Английская наб. ).
8)Дельфинарий (У ЦПКиО) ( !В будние дни)
Мальчикам и патриотам1)Военно-морской музей
2)Музей артиллерии и войск связи.
3)Музей Блокады (Соляной переулок)
4)Железнодорожный музей (Садовая ул. )
5)Музей паровозов.
И много других мест. . Скажите, что Вас интересует конкретно, и я подскажу, как удовлетворить Ваш персональный интерес.

В любом случае, не зависимо от того, едете Вы самостоятельно или с готовым туром, начать стОит с приобретения нормального путеводителя по городу. По личному опыту рекомендую путеводитель издательства "Афиша" ( http://www.ozon.ru/context/detail/id/20501617/ ). Написан петербуржцем, толково, с умеренным чувством юмора и содержит всю необходимую информацию по всем достопримечательностям Питера, часам их работы, адресам в интренете (там можете найти текущую информацию по ценам) , как добраться и т. д. и т. п. Ну, плюс инфа по общепиту в городе, по отелям, магазинам и т. д. и т. п.
Изучите путеводитель ДО поездки и выберите то, что именно для Вас представляет наибольший интерес, ибо на то, чтобы посмотреть всё, заслуживающее внимания, не хватит и двух недель. Я вот каждый год туда езжу уже лет 10, наверное, а до сих пор не везде был.

почти везде лучше ходить без экскурсовода - только зря деньги отдадите, рассказывают неинтересно, а группу обычно набирают под 40 человек

В Питере была 4 раза: три раза в детстве и один раз 3 года назад. Скажу кратко, просто перечислив то, что осталось в памяти на многие годы:
- Эрмитаж
- Русский музей
- Лавра
- Исакий, Исакий и еще раз Исакий
- Естественно Петергоф и обязательно с посещением самого дворца
- Пушкино, тоже с дворцом,
- В Пушкино обратите внимание на Александровский парк, очень рекомендую, там тихо и спокойно
- Гатчино
- Павловск

Кстати, сама я в последний раз останавливалась вот здесь: http://www.saint-petersburg-apartments.com/cgi-bin/db/show-images-mh.ru.cgi?id=145&hotel=���� �� �����������. Это маленький отель в двух кварталах от Исакия. Своя кухня с чайником, холодильником, микроволновкой да и рядом много бюджетных кафе. И очень доброжелательный персонал. Есть свой водитель - может встретить и довезти до отеля.

Если едете на машине, крайне рекомендую посетить Дорогу Жизни (ныне - Рябовское шоссе) . В конце дороги, у столба с номером "45" находится музей. Экскурсию берите обязательно!
Ну и из стандартных - Петропавловская крепость, Исакиевский собор (летом смотровая площадка на колокольне Исакия работает даже ночью; в этом году сам проверял) , Дворцовая площадь, Эрмитаж. Советую также съездить в Петергоф: там два парка. Верхний бесплатный, нижний платный, но не сказать чтобы дорогой.
Если интересна железнодорожная техника, рекомендую посетить музей старинной железнодорожной техники на Варшавском вокзале (метро Балтийская, если не ошибаюсь; ну, во всяком случае, рядом с Балтийским вокзалом - это точно) . В музее помимо паровозов стоит легендарный поезд с ракетой и скоростной поезд ЭР200, который курсировал между Ленинградом и Москвой до Сапсанов

Петергоф. Ехать от метро Автово маршрутными автобусами. Цены очень огромные, за вход в парк стоило около 500 руб, если надо зайти во дворец, там другая стоимость. Чтобы из Петергофа поплыть на Метеоре (корабль) до Питера около 500 руб. Туалеты платные, фонтаны бесплатные.
Пушкин. Цены умеренные. Вход после 17.00 был бесплатным (не знаю, как сейчас сделали) . Рекомендую съездить. Доехать можно с жд вокзала.
конечно без обсуждения Петропавловская крепость, Исакиевский собор, Казанский собор.