Почему у арабики(кофе) на листьях появляются темные пятна?

При чрезмерном поливе часто возникают корневые гнили, на листьях многих растений появляются корковые наросты, пробковеющие пятна (даже может опробковеть поверхность листа полностью) . Кроме избытка воды при поливе, причиной появления таких пятен может быть резкая смена температуры, резкое колебание влаги в субстрате (если после сильного пересушивания почвы сразу обильно полить её), недостаток света. С исправлением ошибок в уходе образование пробковых пятен на листьях прекращается.
Если наиболее вероятной причиной появления пятен на листьях кофе является чрезмерный полив (ведь кофе требует умеренного полива зимой) , полейте субстрат один-два раза суспензией фундазола (2 г на литр воды) - это поможет растению, попавшему в неблагоприятные условия.
Для восстановления иммунитета растения можно провести цикл опрыскиваний листьев кофейного дерева тёплой водой с добавлением "Эпина" по инструкции на упаковке.

Избыток воды в почве, полив холодной водой или просто охлаждение корневой.

Это скорее всего от перелива почвы. Необходимо просушить грунт, пусть верхний слой почвы просыхает между поливами.

Если пятна по краям листа, то это может быть недостаток калия . Но такие же признаки бывают и при его избытке. Вспомнике, как Вы удобряете растение. Может, ему действительно калия не хватает. Калийное голодание приносит наибольший вред кофейному дереву. У него увядают бутоны в начальной стадии, что прямо сказывается на урожае, края листовой пластины нового прироста деформируются. Недостаток калия может вызвать и побурение листьев у кофейного дерева, или так называемый краевой некроз листовой пластины. Хорошая калийная подкормка — зольная вытяжка. Столовую ложку золы соломы размешивают в 1 л воды (+25—30 °С) и сутки настаивают. Затем раствор разбавляют отстоянной водой комнатной температуры в пропорции 1:1. Зольная вытяжка — эффективное калийное удобрение.

При правильной агротехнике специально вносить в почву микроэлементы нет необходимости, они попадают туда в составе других удобрений. А вот внекорневые подкормки нужны. Несмотря на основные корневые почвенные подкормки, один раз в 2 месяца применяют внекорневые. Лучшая внекорневая подкормка — опрыскивание кроны раствором мочевины (1 г на 1 л воды) , которая доставляет растению азот. Полезно также всю крону до полного смачивания опрыскивать розовым раствором марганцовокислого калия. От этой внекорневой подкормки лучше вызревают молодые побеги и формируются цветочные почки.

Если пятна на самой листовой пластинке - да еще округлой формы - то это скорее всего какое-нибудь грибковое заболевание. Иногда вначале на таких пятнах снизу есть как бы плесень. Но это можно и не заметить. Замечают обычно когда такие пятна уже подсыхают и становятся коричневыми. Сейчас есть множество фунгицидных препаратов. Но я применяю 1% раствор медного купороса. Развожу, и при признаках заболевания опрыскиваю два раза в неделю. Помогает.