Хочу удалить все листья с годовалого ростка апельсина. Не опасно ли это?

Конечно опасно! У цитрусов листья на вес золота. Чтобы лучше ветвились можно частично удалить листовую пластину. Попробовать на нескольких листиках и лучше летом.
А листья большие обычно от недостатка света.

что бы начали расти ветки нужно прищепнуть макушку. . а без листьев они могут и загнуться

опасно, разумеется! Да и компактную крону таким образом Вы вряд ли получите - скорее всего, будет тянуться вверх.. . то есть, получится вытянутое голое и чахлое растеньице (это если вообще экзекуцию перенесет) .
Не проще ли месяц потерпеть. а потом грамотно сформировать кроны обрезкой?

народ борется за сохранение листьев всеми возможными способами-а вы их удалять надумали... почитайте Верзилина на досуге-азы ботаники и про цитрусы там грамотно, доходчиво написаноhttp://lib.aldebaran.ru/author/verzilin_nikolai/verzilin_nikolai_puteshestvie_s_domashnimi_rasteniyami/verzilin_nikolai_puteshestvie_s_domashnimi_rasteniyami__0.html
формируют прищипкойцй!!! после 2-3 листа каждого прироста!!!

Цитрусовые из косточки, это только зелень в доме. Но если они вам дороги, то дождитесь весны, рассадитье их отдельные горшки. Когда они хорошо примутся, то формируйте из них деревца, лучше на штамбе. Места занимают меньше и эффектно.

Я думаю, что этого не нужно делать зимой. Это неблагоприятно скажется на них. Лучше это отложить до весны. Весной самые сильные ростки лучше всего пересадить в отдельные горшки, желательно, большого размера (20-25 см) , и когда повторно пойдут в рост, после пересадки, то можно их обрезать на треть или половину, чтобы дали боковые побеги. Далее, эти побеги так же можно обрезать, пока не получится симпатичные деревца, которые могут завести и дать плода. Обратите внимание на то, что нельзя обрезать побеги, когда они находятся в покое, т. е не растет или прекращает буйный рост.
Кстати, у меня, дома рос мандарин 5 лет хорошо. Жалко, что в сентябре он сбросил все листья и умер. Наверно, на корнях его поселилась какая-то болезнь. Жалко его...