Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, как формировать крону у лимона, если основание (нулевой побег, вроде называется) очень короткое?
Покупали его у дедушки. Он сказал, что прививал дерево. Но деревце как кустик у нас растет. Дедушка сказал, что он уже цвёл. И выпустил 2 цветка и сбросил их и дальше пошли веточки эти 2. Возможно ли такое?! Кто знает, помогите советом, пожалуйста!?

Судя по описанию, рост кустиком Вам не нравится. Напрасно! В таком облике есть своя прелесть!
Из того, что уже есть, можно формировать более округлую форму, т. е. укорачивать ветки, растущие "снаружи" куста.
На фото 3 - правая ветка, на мой взгляд, слишком активно растёт в бок. Я бы отрезала точку роста на уровне развилки.
"...выпустил 2 цветка и сбросил их..." - скорее всего из-за смены ПМЖ.
Надеюсь, Вы знаете, что крутить горшок даже на одном месте нежелательно: цитрус просто остановится в росте, а бутоны сбросит.
Выберите одно положение и НЕ меняйте его (можно поставить метку на горшке или воткнуть в грунт палочку - ориентир.
Если хочется подобие деревца, то это уже не выйдет.
НО! отслеживайте ветки, растущие по центру - из них можно выбрать один побег и подсекая рост остальных сделать его основным = центральным.
Хотя ростовые побеги не плодоносят, а вот горизонтально расположенные более плодовиты.
В целом, цитрус здоровенький, в активном росте.
нужно у нового побега оставлять 3 листика и остальное прищипнуть. тогда побег быстрее созреет и даст боковые побеги... у них также нужно прищипывать макушку. тогда быстрее нарастите массу листьев.
для каждого плода, чтобы он созрел нужно не менее 10-15 листьев. ваш лимон ещё маленький, чтобы плоды вызрели, поэтому он их и сбросил.
если ваше деревце уже цвело, то скорее всего у вас сорт пандероза, и по листья на него похоже.
(а вашему дедушке вы доверяете? сказать, чтобы продать, много чего можно: -))
про формирование кроны читайте
В. В. Дадыкин "Цитрусовый сад в комнате" книга доступна для чтения в интернете.