Как правильно рассчитать подоходный налог, если ...

Расчет налога на доходы физических лиц производится нарастающим итогом, т. е. расчет идет не
(январь - вычет) * 13 % = НДФЛ в январе
(февраль - вычет) * 13 % = НДФЛ в феврале и т. п. ,
а так:
январь: (доход за январь - вычет) * 13 %
февраль: (доход за январь + февраль - вычет) * 13 %...
Размер стандартного вычета умножается на количество детей и число месяцев, за которые рассчитывается НДФЛ. При этом имеет значение общий доход - если он превысил 280 тыс. руб. с начала года, вычет с этого месяца уже не применяется.
Если отпускные Вам начисляли единовременно - сразу за все дни отпуска, а не частями, - это доход одного месяца. То есть, если начисление отпускных произведено в мае, они всей суммой включены в доход мая. Следовательно и вычет к ним применен в этом месяце - один раз. Тут все верно.
Вот при расчете НДФЛ за июль, должны были взять все доходы за 7 месяцев и уменьшить их на сумму вычетов за 7 месяцев. Если, конечно, Ваш доход с начала года еще не превысил 280 тыс. руб.

Налоговый Вычет предоставляется ежемесячно до тех пор, пока ваши совокупные доходы с начала года не превысят лимит:
- налоговый вычет "на себя" (400 руб) - до достижения дохода 40 000 руб
- вычет "на детей" (1000 руб) - до достижения дохода 280 000 руб.
Т. е. ежемесячно 400 рублей дохода н облагаются налогом в 13%. Если есть ребенок, то еще 1000 руб. и т. д.

неверенно мыслите, вычеты предосмтавляются до достижении дохода до определнного уровня на работника - до 20000 тыс. руб. кажеться, а на детей - до 280000 руб.