как проверить что работодатель делает отчисления в пенсионный фонд с зарплаты, т.к. вычитают из из самой зарплаты?

Делать отчисления в фонды из зарплаты напрямую работодатель не вправе, но он может компенсировать эти затраты за Ваш счет путем некоторых бухгалтерских операций.
Запросите у работодателя справку 2-НДФЛ за интересующий Вас период (скажите что надо в банк для кредита) и произведите нехитрый расчет: в справке будет указан Ваш доход для налогообложения, допустим за месяц 20 тыс руб. и сумма удержанного подоходного налога (НДФЛ) , которая при правильном начилении и отсутствии налоговых вычетов будет составлять ровно 13% от 20т. р. =2.6т. руб. Сумма, котрую Вы получаете: 20-2.6 = 17.4 т. р. Если не совпадает с фактически иполучаемыми, то далее ищите в квитке на з\п дополнительные удержания. Эти удержания из Вашей зарплаты будут незаконными, Вы можете вернуть их через суд. Если же работодатель просто уменьшил Ваш налогооблагаемый доход (с 20 т. до, например, 15т.) , то это изменение условий трудового договора (если он был) , обусловленное новыми экономическими факторами (должно быть доп. соглашение, которое Вы вправе не подписывать).

Можете взять выписку из лицевого счете в ПФ.

Работодатель не имеет права производить вычеты из з/платы работника в страховые фонды, в том числе в ПФР. Он должен производить отчисления из собственных средств. Из з/платы работника вычитается только подоходный налог (НДФЛ) 13%. О перечисленных суммах вы можете узнать в ПФР.

Тут и проверять нечего. Если бы не отчислял, в банке не дали бы снять деньги на зарплату. Налоговая заблокировала бы работу организации. Отчисляют не из зарплаты а из фонда заработной платы, как и налоги.

Эти взносы не вычитаются из вашей зарплаты, это из фонда работодателя, к нему вы не имеете никакого отношения. Эти взносы не за ваш счет, но на ваш счет. Проверить легко. Каждые полгода пенсионный фонд лично вам обязан присылать "письмо счастья". Это отчет за истекший период о страховых взносах, уплаченных работодателями в истекшем году или за полгода. Если вы работали и подрабатывали в разных организациях - там всё это должно быть отражено. Если такого письма вы еще не получали, позвоните или приходите на прием в районное отделение пенсионного фонда и попросите их посмотреть. У них в компьютере всё есть. Если ваш работодатель не платит за вас эти взносы он подлежит уголовной ответственности.

В Пенсионном Фонде можете узнать