Подскажите, оформляясь по трудовому договору на работу, но не по трудовой книжке, будут ли отчисления в пенсионный фонд?

Чем, интересно, работодатель мотивирует отказ от внесения записи в трудовую книжку? !

Статья 66. Трудовая книжка
Трудовая книжка установленного образца является основным документом о трудовой деятельности и трудовом стаже работника.
Форма, порядок ведения и хранения трудовых книжек, а также порядок изготовления бланков трудовых книжек и обеспечения ими работодателей устанавливаются уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.
(в ред. Федерального закона от 23.07.2008 N 160-ФЗ)
Работодатель (за исключением работодателей - физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями) ведет трудовые книжки на каждого работника, проработавшего у него свыше пяти дней, в случае, когда работа у данного работодателя является для работника основной.
(часть третья в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
В трудовую книжку вносятся сведения о работнике, выполняемой им работе, переводах на другую постоянную работу и об увольнении работника, а также основания прекращения трудового договора и сведения о награждениях за успехи в работе. Сведения о взысканиях в трудовую книжку не вносятся, за исключением случаев, когда дисциплинарным взысканием является увольнение.
По желанию работника сведения о работе по совместительству вносятся в трудовую книжку по месту основной работы на основании документа, подтверждающего работу по совместительству.
Часть шестая утратила силу. - Федеральный закон от 30.06.2006 N 90-ФЗ.

значит договор не трудовой, потому что при заключении трудового договора делается запись в трудовой книге.

Нет, отчислений не будет

У Вас не трудовой, а гражданско-правовой договор. Если в ГПД не указаны эти условия, то отчислений не будет.

Если договор не "филькина грамота" и фирма серьёзная, будут отчислять. В любом случае - можно проверить в пенс. фонде поступления.