чем отличается оплата труда по основному месту работы от работы по договору (в районах Крайнего Севера)

В вашем вопросе спутано несколько понятий, которые могут никак не влиять одно на другое и не зависеть друг от друга.

1. ОСНОВНОЕ МЕСТО РАБОТЫ - это место работы, на которое работник устроился по трудовому договору на условиях полного рабочего времени и предоставил работодателю трудовую книжку. Основное место работы всегда одно, если работник одновременно работает еще где-либо, то это будет РАБОТА ПО СОВМЕСТИТЕЛЬСТВУ (ст.. 60.1. ТК РФ) . Все это в равной степени относится и к районам Крайнего Севера

2. При всех трудовых отношениях между работодателем и работником заключается письменный ТРУДОВОЙ ДОГОВОР (ст. 56 ТК РФ) , причем это делается вне зависимости от места, характера работы, профессии и т. п. , в этом случае на работодателя и работника полностью распространяются требования Трудового кодекса и иных нормативных актов трудового законодательства. Иногда заключается и другой вид договора - гражданско-правовой, но здесь уже действуют совершенно другие "правила игры", и прежде всего здесь не действует Трудовой кодекс, нет трудовых правоотношений, нет понятий "работник" и "работодатель". Эти положения также относятся и к районам Крайнего Севера.

3. Труд работников в районе Крайнего Севера, если они работают именно по трудовому договору, содержит рад особенностей, которые регламентируются Трудовым кодексом (глава 50 ТК РФ) . В частности, здесь есть и особенности оплаты труда, предусматривающие районные коэффициенты и процентные надбавки к заработной плате (ст. ст. 315, 316, 317 ТК РФ) и другие особенности.

Суммой вознаграждения, указанной в договоре. Все по договоренности.

Проще говоря, при заключенном Трудовом договоре отношения между работодателем и работником регулируется Трудовым кодексом, а гражданско-правовой - Гражданским кодексом. Исполнитель работ лишен социальных гарантий, предусмотренных трудовым законодательством. Норму рабочего времени, больничный, оплаченный отпуск, пенсионные отчисления, районные коэффициенты, зарплату не меньше МРОТ и т. д. всего этого вы будете лишены при заключении гражданско-правого договора.

место работы значения не имеет, просто трудовой договор заключается на основании трудового кодекса со всеми вытекающими гарантиями, а вот договор ГПХ на основании гражданского кодекса.