Так всё-таки, как правильно писать слово вуз? (заглавными или прописными)

Вот это настоящий пример влияния неграмотности на развитие языка! Причём очень сильное, зафиксированное официальными бумагами, скреплённое подписями чиновников.. . Конечно же- только стрОчными (маленькими) буквами, а прописная это и есть заглавная.
Вуз-сложносокращённое слово, состоящее из трёх слов (высшее учебное заведение) , и пишется оно СТРОЧНЫМИ буквами, поскольку является сокращением НАРИЦАТЕЛЬНОГО наименования. Вузов, то есть высших учебных заведений, МНОГО, а вот МГУ, МГПИ и так далее-единичные учреждения. В данном случае пишем прописными (заглавными) буквами, потому что сокращается СОБСТВЕННОЕ наименование.

Одними прописными буквами пишутся: 1. Все аббревиатуры, читаемые no названиям букв, например: СССР (Союз Советских Социалистических Республик) , МВД (Министерство внутренних дел) , ЦК (Центральный Комитет) , КПСС (Коммунистическая партия Советского Союза) , МТС (машинно-тракторная станция) .
2. Все читаемые по звукам аббревиатуры, обозначающие такие названия учреждений или организаций, в которых хотя бы первое слово пишется с прописной буквы, например: МИД (Министерство иностранных дел) , ТАСС (Телеграфное агентство Советского Союза) , ООН (Организация Объединенных Наций) .
3. Аббревиатуры, читаемые в одной своей части по названиям букв, а в другой по звукам, например: ЦДСА (читается «цэдэса») .
Как видите, "вуз" не подходит в эти 3 пункта, так как ЧИТАЕТСЯ по звукам (по буквам слово читалось бы "вэузэ"):
Одними строчными буквами пишутся: 1. Все сложносокращенные слова, например: рабкор, спецодежда, культработа. 2. Аббревиатуры, ЧИТАЕМЫЕ по звукам (а не по названиям букв) и обозначающие имена нарицательные, например: вуз, роно, дзот.

Все аббревиатуры пишутся заглавными буквами, никто этого правила
не отменял.

Аббревиатура-заглавными... (КПСС, СССР, КООПСАХ,... ВУЗ).

ВУЗ - это акроним, высшее учебное заведение.

заглавными, т. к. сокращение

Ни так, ни так. Заглавные буквы - это и есть прописные, т. е. большие. А слово вуз пишется маленькими, т. е. строчными. Это слово, образованное из трех слов путем слияния начальных ЗВУКОВ и поэтому пишется только маленькими.