Наталия и Наталья считаются одним именем,но ведь если например в паспорте будет написано Наталья,а в каком-либо

Если говорить уж ОЧЕНЬ СТРОГО юридически, то как раз-таки "...Наталия и Наталья НЕ считаются одним именем... ". Есть ТРЕБОВАНИЕ СТРОГОГО (ПОЛНОГО) соответствия в ОФИЦИАЛЬНЫХ документах. Поэтому даже самое незначительное изменение всего лишь в одной буковке расценивается как НАРУШЕНИЕ ТОЖДЕСТВЕННОСТИ (для большей ясности - если Вы, к примеру, в программе MS Word напишете одновременно и "Наталия", и "Наталья", то функция "Поиск" по какому-то одному признаку найдет ВСЕГО ЛИШЬ ОДИН результат и, следовательно, это может привести с ПОТЕРЕ ИНФОРМАЦИИ, а в юридических делах и к более серьезным последствиям)

по документам это разные имена, а как произносить путают многие и это уже дело вкуса

Мало ли что чем считается. Имя, указанное в свидетельстве о рождения и затем в паспорте (на основании свидетельства о рождении, кстати) , и есть полное. В неофициальной обстановке вы можете требовать называть вас как вам угодно, но в официальных документах имя должно совпадать с указанным в паспорте.
Теоретически, Алёна и Лена - варианты имени Елена, Люда и Люся - Людмила, Катерина, Катя, Рина - Екатерина. Практически же, если в свидетельстве о рождения родители записали вас Лена (Люся, Катя, Наташа) - то это и будет вашим полным именем, имеющим к имени Елена (Людмила, Екатерина, Наталья или Наталия) лишь косвенное отношение.

Считаются. Просто в документах пишут полное