Отчего для слова ПОНЯТЬ корнем считает ПОНЯ, а для ВЫНУТЬ - никакого корня нет?

выня

ПОНЯТЬ корень НЯ/НИМ: в-ня-ть/в-ним-ать, за-ня-ть/за-ним-ать, при-ня-ть/при-ним-ать.
ВЫНУТЬ корень НУ/НИМ: вы-ну-ть/вы-ним-ать.

Вся проблем в том, что слова русского языка придумывали не академики филологи, а они образовывались в ходе устной речи, людей которые не умели проводить морфемный разбор слов и тем более не имели понятия об их этимологии ! :)))

В слове - вынуть существует так называемый нулевой корень. Он вроде бы есть, но его одновременно и нет !

Можно сказать, что суффикс- ну, в слове одновременно играет и роль корня. Точнее он когда то и был корнем, но стал сперва созвучным суффиксу - ну, а затем и полностью перенял его функции.

Более древняя форма этого слова - вынять, где четко прослеживается корень - ня. Но со временем -я перешло в звк -у, на корень - ну стал играть роль суффикс - ну, по типу в словах - сду -ну- ть, смах-ну-ть и т. п.

Вы верно подметили почему в слове не является корень - выну, как в слове понять - поня.

Дело в том, что в слове понять, этимологическая приставка -по утратила свои функции, став частью корня, тем самым образуя новую лексему.

Тогда как приставка - вы-, может быть легко заменена на другую образуя новую словоформу того же слова.

Вынять - отнять - разнять, вынимать - отнимать - разнимать.

А вот уже у слов - понять- и -понимать-, лексическое значение будет совершенно другое, не связанное с перемещением предметов.

Раз есть корень "Поня",значит должен быть и "Выня"...

Существительных без корня не бывает.

В слове отнимать, поднимать, разнимать и т. д. корень м

https://ru.wiktionary.org/wiki/поднимать

Учиться надо, а не глупости выдумывать.