Вопрос по поводу past perfect

has been это Present perfect
(в Past perfect было бы haD been)

Потому что речь идёт о настоящем времени: он сейчас не курит.

It has been five years since he smoked.
(Вот) уже пять лет (прошло с тех пор), как он курил... (в последний раз).

(Всё, что в скобках, - мои дополнения с целью пояснения, в чём тут "фокус").
Present Perfect здесь выбран правильно. Автор подчёркивает, что пять лет не-курения (включая "момент речи" - вот они, тёпленькие, триумфальные) - это его достижение, результат работы (над собой)...
Парень бросил курить, пусть давно, но это актуально для него и сейчас. Результат налицо. Он молодец. Он горд и счастлив. Позитивное изменение сознания - улучшение поведения, здоровья, семейных отношений и т. д. и т. п..

Present Perfect - это ещё и получение опыта, изменение "состояния" к "моменту речи". (и неважно, когда совершалось действие).
Since - один из формальных признаков времени для выбора Present Perfect (указан отрезок времени, связанный с настоящим моментом).

А какое, по-вашему, должно быть время? Ответ на этот вопрос поможет понять ваше затруднение.

It has been five years since he smoked - здесь нужно подставить Perfect, ведь в настоящем времени его тут нет. Если брать "been five" - то не будет и Present, поэтому указываем местоположение и время, обязательно.

Потому что здесь указано не конкретное время, а временной отрезок, который все еще длится: результат его отказа от курения в прошлом актуален в настоящем - это типичное для present perfect значение.

С предлогами since и for для обозначения периодов времени используется Perfect.
He hasn't smoked for five years.
It has been ...
Это одна из функций Perfect, надо просто запомнить.
Ну и поскольку он всё ещё не курит, здесь Present Perfect.