Зачем нужно употреблять глагол прошедшего времени had 2 раза подряд.

Leonid так всё замысловато объяснил, что теперь попробую на пальцах; -) Здесь употребляется Past Perfect (had + VIII (have breakfast - VIII= had breakfast) для того, чтобы подчеркнуть, что одно действие в прошлом завершится ОБЯЗАТЕЛЬНО раньше другого! - Я подумал, что лучше подождать до тех, пока вы не позавтракаете, чтобы сказать.... то есть, сначала позавтракать, а потом сказать... Это первое правило употребления Past Perfect! А второе - это правило согласования времён (ПСВ) при переводе прямой речи в косвенную - Past Simple переходит в Past Perfect! А had had никакая не конструкция, а Past Perfect от глагола have.
For instance,
When did you have breakfast...(Past Simple) - He asked when I HAD HAD breakfast.

Была даже такая лингвистическая задачка. Расставить знаки препинания так, чтобы фраза

John where Paul had had had had had had had had had had had professor's approval

стала осмысленной.

Уонкретно у Вас (until you had had) второе had - это смысловой глагол в третьей форме, а первое - это МОДАЛЬНЫЙ глагол, который образует время Past Perfect. То есть они выполняют совершенно разные функции, и первый вообще не переводится - он лишь управлдет тем, как именно переводится второй.

Первый раз had - показатель прошедшего времени всего смысла предложения, второй раз - устойчивоеи выражение have a breakfast (завтракать) в прошедшем времени.

это не повторение глагола had 2 раза. это употребление выражения have a breakfast в Past Perfect(употребляется для выражения прошедшего действия, которое уже совершилось до определенного момента в прошлом).

Первое HAD это глагол ВСПОМОГАТЕЛЬНЫЙ, образует форму Perfect (Past Perfect), второй HAD часть смысловой конструкции to have breakfast (завтракать) .
Perfect состоит из вспомогательного глагола to have(в нужном времени) + Past Participle от смыслового глагола (в данном случае от конструкции to have breakfast )

have a breakfast = позавтракать
I had a breakfast one hour ago = я позавтракал час назад (время указано)
I have had a breakfast = я позавтракал (к настоящему моменту уже позавтракал, точное время не указано, Present Perfect Tense)
By the time you came, I had had a breakfast = Когда ты пришел, я уже позавтракал (точное время завтрака не указано, но это случилось до того, как второй человек пришел, Past Perfect Tense)