Году в 93-95м в журнале "Смена" по-моему, был роман в 2х частях ...см. далее...

Так это же Андрей Ильин! У него серия из 10 книг про "Контору". Серия называется "Обет молчания".
А эта самая первая. В бумаге я читал. Так и называлась "Обет молчания". В другом варианте "Тайные люди" или "Записки невидимки". Эта книга положила начало целой серии.

Кстати, про запомнившийся выпуск из школы:

"Через год, когда все преподаватели посчитали, что мы достаточно подготовлены, нам объявили условия экзамена. Такого мы не ожидали! Нет, это были не билеты, не зачеты и не письменные работы в классах.
— Пришла пора доказать, что вы не зря ели казенный хлеб. Мы объявляем «день открытых дверей» . Завтра, послезавтра или через неделю вы отправитесь туда, в большой мир. С собой у вас не будет ничего кроме армейского комплекта. Не будет еды, денег, дополнительной одежды, документов, жилья. Не будет даже элементарной расчески. Все это вы должны добыть сами.
Это и будет главным условием экзамена. Скажем больше, мы не гарантируем, что на кого-то из вас не будет объявлен в месте заброски розыск и, значит, ваши портреты появятся на стендах и в планшетах постовых милиционеров. Это для стимуляции вашей подвижности. "

Вот здесь можете прочитать или скачать всю серию, а также другие произведения автора:
http://flibusta.net/a/4949

Убийство собаки с последующим минированием ее трупа - это уже из второй книги ("Обет молчания -2" или "Маска резидента" :
"Я убил необходимую мне для дела собаку и притащил ее на одну из съемных квартир. Там, в ванной, еще раз извиняюсь за неприятные подробности, я распотрошил покойного добермана, вытащив внутренности и набив пустое брюхо солидным запасом пластиковой взрывчатки и мелких гвоздей для повышения убойной силы заряда. В другой разрез, сделанный под челюстью, я всунул микрофон микропередатчика. Брюхо и шейный разрез я зашил косметическим швом самым тщательным образом, замаскировав шерстью. Я несколько раз осмотрел собаку и взвесил ее, чтобы первоначальный вес совпадал с нынешним. Вроде ничего.
Собаку я положил в трехстах метрах от недоступных мне ворот. Ее нашли через час. Два охранника, ухвативши за лапы, потащили тело в дом. Я рассчитал абсолютно правильно. Они не могли ее захоронить, не показав последний раз хозяину. "