Что случилось с Геральтом в конце "Владычицы озера"? И убили ли Дийкстру?

Нет, Дийкстру не убили конечно же. Мы же в конце видим его в компании с Фаоильтиарной. Хоть они и не называют свои реальные имена, догадаться кто там кто, очень легко.
А вот на вопрос, что призошло с Геральтом нельзя ответить однозначно. Одной-единственной правильной трактовки здесь быть не может, открытые концы тем и хороши, что читатель должен думать сам, выбирать то, что он считает верным.
Можно считать, что Цири оживила ведьмака с помощью магии единорога, открыла дверь в какой-то (лучший? ) мир и провела Геральта и Йеннифэр туда. Но я полагаю, что мир этот - мир мертвых.
Описание смерти Геральта вполне конкретно. Да и Йеннифэр то ли потеряла сознание, то ли, что вероятнее всего, тоже умерла, истощенная чарами. Описываемая затем мистерия - туман, в котором все видили умерших уже людей, ладья, остров яблонь - аллюзии и на Стикс (вернее, вобще на реку, отделяющую мир живых от мира мертвых, и ладью на этой реке) , и на Авалон. Легенду о короле Артуре знаете? Там Артур получает смертельную рану, и его на ладье отвозят на Авалон четыре королевы (среди них и Владычица Озера) . В легенде говорится, что Артур не умер, но прибывает на Авалоне. Такое пограничное состояние - и не мертв и не жив. Вернее, мертв в нашем мире, но жив - там. Так и у Сапковского. Но это только мое мнение.