Меня терзают смутные сомнения.

По первому вопросу: что Вас удивляет? - в том же романе описывается сцена любви миледи Винтер и д'Артаньяна, выдававшего себя за де Варда, когда миледи не разобралась, кого она любит. А библейский Иосиф, которому тесть вместо любимой Рахили подложил ее старшую сестру Лию, и влюбленный жених ничего не заметил? Таких историй много, это было нормально. Мужчины из общества могли никогда не видеть своих жен полностью раздетыми. Если им очень хотелось посмотреть на голых женщин, к их услугам было много женщин и девиц соответствующего сословия. Но не жены.
Про профессора все объяснила Татьяна Макарова.
А относительно отца Федора - он сам все объяснил в письме к жене из Харькова (в романе оно первое). Цитирую:" Сперва я попал на ложный путь. Один стул только нашел в воробьяниновском доме (там ныне богоугодное заведение), несу я мою мебель к себе в номера "Сорбонна" и вдруг из-за угла с рыканьем человек на меня лезет, как лев, набросился и схватился за стул. Чуть до драки не дошло. Осрамить меня хотели. Потом я пригляделся -- смотрю -- Воробьянинов. Побрился, представь себе, и голову оголил, аферист, позорится на старости лет.
Разломали мы стул -- ничего там нету. Это потом я понял, что на ложный путь попал. А в то время очень огорчался"... "Нашел я этого человека. На другой же день нашел. Варфоломеич -- очень порядочный старичок. Живет себе со старухой бабушкой -- тяжелым трудом хлеб добывает. Он мне все документы дал. Пришлось, правда, вознаградить за такую услугу. Остался без денег (но об этом после). Оказалось, что все двенадцать гостиных стульев из воробьянинского дома попали к инженеру Брунсу на Виноградную улицу. Заметь, что все стулья попали к одному человеку, чего я никак не ожидал (боялся, что стулья попадут в разные места)".

1. В романах Дюма-отца таких ляпов тысячи в конечном счёте. С одной Миледи их с десяток. Например: как 16-летняя девушка успела стать настолько прожжёной и неисправимой преступницей, что подверглась клеймлению? Это отличительная черта Дюма... Ничего не поделать.
2. Профессор Преображенский давно задумал этот эксперимент и искал подходящего пса. Колбаса была куплена заранее для приманки. Это просто и логично.
3. Отец Фёдор к этому моменту уже повредился умом и готовился стать пациентом психушки, где вскоре и оказался...

а ты мозги на классику выбрасываешь ?
лучше выбрось на помойку

По первому вопросу -быть может, граф с женой были настолько целомудренны, что сексом занимались в темноте.
По третьему - отцу Фёдору грезился свечной заводик, ему уже было не до подсчётов.
По второму никаких предположений:)