Почему Киплинга принято называть через 2е имя “Редьярд”, а не через 1е “ Джозеф” ?

Потому что он им сам чаще пользовался и считал основным. Второе имя в англоязычной культуре не всегда дается по имени отца и не воспринимается как отчество у русских. Это два равнозначных имени и более употребимым может быть и первое, и второе, и даже третье.

"Оттуда, где он сидел, ему была видна дощечка с золотыми буквами «Уэстон Д. Чейз, окулист и ларинголог».
Свое второе имя, Джаспер, Уэс ненавидел. И теперь он вспомнил, как однажды Джо в шутку заказала дощечку «У. Джаспер Чейз, окулист и ларинголог». Он улыбнулся."
Ч. Оливер

Псевдоним

Могу предложить два объяснения:
1. Редьярд - сам взял второе имя, уже как писательский псевдоним в память об отце.
2. Киплинг был завзятым масоном
"Я был секретарём ложи несколько лет…, в которую вошли братья, по крайней мере, четырёх вероисповеданий. Я был введён [в ученики] членом Брахмо Сомадж, индусом, повышен [в степень подмастерья] мусульманином, и возведён [в степень мастера] англичанином. Наш привратник был индийским евреем".
Возможно "Редьярд" объяснимо его индуистскими заморочками о реинкарнации - опять же связано с именем отца, думал таким образом воскресить его в своей жизни..

Джозефом он был только по документам, а в семье его называли Редьярдом. По названию озера, на берегу которого познакомились его родители. (Но про озеро информация противоречивая в разных источниках).
Второе имя для англичан вовсе не звучит как отчество, так что сравнение с Толстым некорректно.

Видимо он так подписывал свои произведения.