Почему в Гарри Потере так много изъянов

Гарии Поттер начинался как сказка, которой не нужно особо объяснять логику сеттинга - она есть и ок. А потом стал постепенно превращаться в другой жанр - героическое фэнтези, к которому у публики другие требования, и ему нужны объяснения сеттинга, логика и прочие штуки, без которых сказка может обойтись. Так что у ГП много изъянов и проблем с логикой - маховики времени, например, разумность некоторых животных и т. д.
но то, что указано в вопросе - это не изъяны.
Хагрид вполне мог иметь в виду приёмных маму и папу, не знаю, что опекуны ГП плохо к нему относятся, не так, как нормальные приёмные родители.
Отслеживающее заклинание накладывается на местность, а не на человека, так что когда эльф применил заклинание на тётку, все подумали на ГП, потому что кроме него там не было волшебников (за детьми в семьях волшебников должны следить их родители).
Да, за ГП следили. + магия
Почему его потащили в суд - за экстремизм больше, чем за неположенную магию. Наводит смуту, говорит, что тёмный лорд вернулся, что дементоры (которые вообще-то опасное оружие) не подчиняются министерству - а не задумал ли он свержение власти в угоду Дамблодору? В последних книгах пошли совсем не сказочные разборки за власть, так что ...
А то, что у Лили карие глаза в фильме - Йейтс свои фильмы вообще делает пятой точкой, а не руками, так что ничего удивительного.

Нет там изъянов, по крайней мере тех о которых вы написали.
Тетя и дядя Гарри были опекунами, для многих это вторые родители.
Когда Гарри надул тётю, то в дто время из Аскабана сбежал Сириус Блэк, а все думали, что сбежал он чтобы убить Гарри, вот и не стали слишком его наказывать. Про письмо тут вообще все ясно, в Хогвартсе работают волшебники и им не надо не за кем следить, магия сама все сделает.

Вопросов там довольно много, сначала просто смотришь фильмы и не думаешь а потом начинаешь понимать этот бред... вроде Поселягин писал книгу про Гарри Поттера, прочитай

А сам-то че, идеальный что ли?

Спроси у автора, Джоаны Роулинг. Понимаешь ли, с её тараканами в голове мы не знакомы.