Юрий Пахомов - автор 28 книг, среди которых "Драконова кровь", "Введенский канал", "Пятнадцатая скрипка", "Набируха", "Поле, моё поле...", "Дерево духов", "После шторма", "В поисках двойника", "Свет отражённый", "Белой ночью у залива", "Вечер в Стамбуле", "Столкновение" и другие.
В 1983 году по рассказу "Тесть приехал" режиссёром Марленом Хуциевым был снят фильм "Послесловие" (в главных ролях Ростислав Плятт и Андрей Мягков).
О Военно-Морском Флоте создано немало мифов, за этими мифами нередко скрывалась правда о тяжелом, опасном труде моряков, о том, как порой сложно бороться с неуставными отношениями в экипаже, о трагедиях на море, о судьбах ветеранов. Этому посвящена повесть Юрия Пахомова, "Столкновение" о моряках Северного флота. По убеждению автора, Российский Военно-Морской Флот возродится лишь при условии, что будет учтен опыт моряков старшего поколения.
Повесть "Набируха". Морские будни моряков случайным образом прерываются набирухой - волной разрушающей силы. В результате действия этой силы группа моряков оказывается на необитаемом острове.
Повести и рассказы, вошедшие в книгу Юрия Пахомова "Дерево духов", - о молодых советских специалистах, выполняющих свой интернациональный долг в развивающихся странах Африки и во Вьетнаме. Внимание автора сосредоточено на нравственных качествах советского человека: чувстве долга, преданности своему делу, глубоком уважении народов других стран. Герои книги - советские врачи, инженеры, моряки, журналисты.
Сборник "Остров махаонов" посвящен нравственно-этическим проблемам. Географический диапазон книги широк - от Дальнего Востока до побережья Белого моря. Герои ее - люди самых различных профессий, но большинство из них трудом связаны с морем. Автор нередко ставит своих героев в острые, "переломные" ситуации, чтобы проследить, как приходят они к каким-то новым, важным жизненным обретениям.
В книгу Юрия Пахомова "Трагедия в крепости Сагалло" вошли пять повестей. Читателям предстоит совершить путешествие по современной, неспокойной Африке, вместе с первопроходцем в Абиссинию (Эфиопию) вольным атаманом Николаем Ашиновым принять участие в экспедиции в Таджурский залив, узнать о загадочной болезни сигуатера и, наконец, оказаться среди малоизученного племени болотных людей в Центральной Африке. В книге использованы документальные материалы о первых русских экспедициях в Юго-Восточную Африку, об участии советских военных специалистов в сомалийско-эфиопском конфликте, ликвидации эпидемических очагов тропических болезней среди аборигенов и оказании помощи пострадавшим на дрейфующем судне в Индийском океане.