Почему Стивенсон назвал не самого умного пирата Израилем?

А неважно, какой он по уму.
Важно, что он из диссидентской семьи, которая исповедовала радикальный протестантизм -- пуританство, пресвитерианство, что-то из этого. Это в таких семьях детей называли именами из Ветхого Завета (Иосия, Иона, Израиль и еще жутко много всего экзотичного), а не традиционными для Великобритании. Может, он даже шотландец -- такие радикальные церковные группы были очень распространены в Шотландии.
Так что за этим Израилем Хендсом рисуется определенный тип, характер и даже судьба. А ум тут вообще ни к чему.

Израэлем. Это библейское имя, широко распростаненное у христиан-протестантов.

Потому что он был самым хитрым.

Герои "Острова Сокровищ" - вымышленные персонажи, включая Израэла Хэндса. Да, Стивенсон заимствовал имя упомянутого персонажа из книги Джонсона, но Хэндс в романе - это не реальный Хэндс, судьба которого (после амнистии) документально плохо прослеживается, хотя и считается, что он окончил жизнь нищим в лондонских трущобах с красивым несколько благообразным именем Изра)

Самого умного пирата Стивенсон назвал Джимом Хокинсом. Только благодаря ему его друзья вернулись домой живыми и с сокровищами. А действовали они также беззаконно, как и их оппоненты. Сокровища-то принадлежали английскому королю ГеоргуIII т. к. были зарыты на его земле. Их всех ждала петля. Так что разделять их на пиратов и джентльменов глупо.

В Библии, персонаж которого назвали Израилем, всю ночь боролся с Богом, а это не говорит о его большом уме.