Почему Том Сойер считается положительным героем? Ведь он курит, врёт, прогуливает школу, сбегает из дома, и т.д.

Том Сойер - озорник. Когда большинство шалостей безобидны, то таких детей называют озорниками.

А про Буратино, похоже, вы ещё не читали...
Вот песенка из фильма про него
https://www.youtube.com/watch?v=DxaM-cSMqpc&t=52s
"Юный друг, всегда будь юным,
Ты взрослеть не торопись,
Будь веселым, дерзким, шумным!
Драться надо — так дерись!"
...и про Тома Сойера эта песенка то же.
Том Сойер - обычный среднестатистический пацан. Потому и популярен уже полтора века везде, где о нём читали или кино про него смотрели.

он примеряет жизненные сценарии

Потому что он живой.
В серьезных жизненных ситуациях он всякий раз выбирает правильный путь, хотя для этого нужны смелость, упорство, верность и ум.
А все, перечисленное Вами - не пороки, а шалости, присущие большинству мальчишек.

Любит тетю, приносит пользу, в все остальное - шалости.

Где это он курит? Том - типичное дитя, нуждающееся в родительской любви. От тети он ее не получает. Вот и компенсирует вниманием со стороны лучшего друга, который на него отрицательно влияет, а также тягой к приключениям, как и всякий мальчик в его возрасте. Но он это делает не со зла, не специально. Ему присуще раскаяние, желание совершить добрый поступок, стать лучше. Пусть и недолговременное желание, но все же...)

Наверное, потому что не это главное, чтобы быть положительным героем.

а где написано, что он положительный герой? Роман юмористический, как почти все у Марка Твена, то есть у него нет стопроцентно положительных и быть не может, по канонам жанра

Вот поэтому на заре политкорректности из американских школьных библиотек книжки про него и изымали.А сейчас и наши подтянулись-"что крестьянин,то и обезьянин".

Это персонаж с "дугой (аркой) характера", он воспитывается. ) Классический персонаж из древнейших базовых сюжетов "Путешествие/Туда и обратно" и "Воспитание/Обретение".

Даже убежденный и надменный Мишка Квакин в "Тимуре и его команде", главарь мелких бандитов, в конце сюжета дал трещину. ) Гайдар просто не стал дальше расковыривать эту его "течь", завершив повесть. )

Что за манера делить всех литературных героев на положительных и отрицательных? Том Сойер - сложная личность с хорошими и плохими чертами. Как собственно и полагается герою великого произведения великого автора. Главные черты его характера - любознательность, умение дружить, инициативность, самостоятельность, смелость. Разве это плохие качества? Да, он не ангел! Но тем интереснее образ...

А вы за собой следите

Том не курит, курит беспризорник Гек.