чем дезенфицировать инструмент (маникюрный) после обработки ногтевой пластины пораженной грибком?

Пилку и правда лучше выкинуть.
Если условия домашние, то воспользуйтесь бионол (заказать этот дезинфектор и бокс для стерилизации можно http://www.madelon.ru/product/catalog/instr_ob.html?id=653 - это удобно) , Если этого нет, то воспользуйтесь спиртом, а потом положите инструмент в металлическую миску, кастрюльку и в духовку - заменит жарошкаф (как в больничках)
Для работы с клиентами (чтобы исключить себя и других клиентов из зоны риска) существует очень хороший и проверенной профи-мастерами метод: подготовьте набор клиента (блок, пилка, можно клей д\типсов для ремонта) , продайте его клиенту (можете и подарить) и обяжите его приходить к Вам на дальнейшие процедуры с этим набором.
Клиенту приятно, что у него есть индивидуальный набор, он понимает, что Вы с ним честны и заботитесь о его безопасности, а Вы в убыток себе не продадите.
Если Вы интересуетесь сами собой - лечите грибок.

Спиртом, но не гарантировано. Для грибковых ногтей нужен отдельный инструмент, пилка дезинфекции не поддаётся.

прокипятить надо

грибковое поражение не может быть только на одном ногте - это уже заболевание организма. И здесь нужны профессиональные антисептики, Вы можете их купить в профильных магазинах. Наберите в инете "дезинфицирующие средства для медицины" и выберите тот магазин, который к Вам ближе.

Perfect Lady Дезинфицирующий спрей, 250 мл
Производитель: ( Perfect Lady, Англия (Перфект Леди) )
Дезинфицирующая жидкость–спрей (Sanitizer) – предназначена для дезинфекции инструментов и поверхности стола. Обеспечивает безопасные и комфортные условия труда. Содержит бактерицидный и антигрибковый компонент Triclosan. Не затупляет лезвий инструментов. Имеет приятный запах.
Емкость с дозатором: 250 мл

Но пилки и фрезы - обязательно индивидуальные
Плюс защитная маска и очки!!!!

Сначала в хлорку, затем антисептиком, а потом капельным лекарством от грибка, причём это нужно делать после каждого ногтя, чтобы не разносить грибок

А "Жавельон не подойдет?