Являюсь руководителем среднего звена, прошу дать совет, как наказать впервый раз, за прогул?

один раз не считается

Выговор с занесением в личное дело.

Депремировать, поставить на смену в праздники в качестве отработки, а того кто за него вышел соответственно премировать, отпуск на ноябрь поставить в графике, да мало ли как можно оторваться

Вывести на разговор. Основной внешний антураж разговора: какая причина такого поступка сотрудника?
Недостаточно просто спросить и получить поверхностный ответ. Необходимо докопаться до истины. Задавая все более глубокие вопросы.
В среднем у любого работника есть 3-5 уровней защиты. И задача руководителя их пройти и копнуть глубже.
Сначала от отмажется, что проспал, что будильник не зазвенел, что вчера спасал чью-то жизнь и поздно лег и т. п. Углубляем вопросы: Если поздно лег, почему не позаботился о том, чтобы тебя кто-то разбудил? Ты один живешь? А друзья есть? Их мог попросить? Почему не попросил? И все в том же духе. Каждый новый вопрос цепляется за предыдущие ответы.
Звучит может и занудно, но цель - вызвать у сотрудника чувство неудобства, вывести его из зоны комфорта. При правильно построенном разговоре многие провинившиеся потом признаются, что "лучше бы директор штраф выписал, чем это терпеть".
Идеально, если удастся дойти до признания, что "мои удовольствия мне важнее дисциплины и работы" (обычно так не отвечают, но в воздухе начинает витать такой ответ).
Такая схема эффективна в 98% случаев, остальные 2% - это отъявленные негодяи, таких в принципе надо плавно выдавливать из коллектива.

Привяжи его к скамейке голым и выпори

я обычно действую по довольно простой схеме.

первый раз - выговор/предупреждение. второй раз - штраф, к примеру, 500 руб. в третий раз - 1000 руб. на следующий раз я бы уволил, но если осторожничаешь, то можно продолжать выставлять штрафы по 1000 руб и больше.

отдельный момент - распределение штрафов. вариантов два: либо распределять его среди работников, либо отдавать в детский дом. я придерживаюсь второго варианта, но первый - более эффективный, как мне кажется, с психологической точки зрения.

в любом случае, штраф не должен направляться в пользу предприятия.

Морально унизить на глазах у всех. Будет примером!