В Москве поезда дальнего следования начали переводить с Курского вокзала на МЦК «Локомотив». Как это будет работать

Ну, как-то так:
- курский вокзал не в состоянии принять линию МЦД-3 до Железнодорожного, и тем более, планируемую МЦД-5 - на нём элементарно мало платформ и путей, чтобы изъять ещё два-четыре пути под МЦД-3/5 с их двумя платформами (т. е. остаётся свободными на вокзале только 3 транзитных путей, при необходимости иметь один-два оборотных пути на Серпухов-Тулу), и он срочно нуждается в разгрузке
- дальние Ласточки с Курского вкз. до Владимира-Нижнего Новгорода снимут и переведут на Черкизово, после того как на МЦК Локомотив достроят длинную платформу под дальние поезда. Сейчас в сутки 4 пары дальних Ласточки др НН ездят, и 7 до Владимира - ну и хватит им двух путей по новой длинной платформе МЦК Локомотив.
- как они поедут - а не знаю. Есть работающая соединительная ветка на Ярославку с выездом по Монинской ветке на горьковское направление. Была соединительная ветка с горьковского направления на МЦК у Перово, снятая на время строительства СВХ - восстановить её по завершении эстакады СВХ не проблема, на 12 пар поездов в сутки её с избытком хватит. ПТО, наверное, на Белокаменной будет.
- ближние тупиковые электрички до Фрязево-Балашихи-Петушки уберут на Карачарово-Нижегородскую, там 3 платформы, 6 путей под электрички есть.
- дальние поезда с Курского вокзала продолжат убирать на павелецкое, казанское и киевское направление. Вокзальные тупики горьковского направления останутся под дальние электрички. Грубо говоря, Курский вокзал должен быть полностью выведен из сообщения ПДС - нет под них места.

Да, именно так.
Вообще сейчас дальних поездов на Курском немного, но из-за использования подходящих к нему линий в МЦД требуется убрать все или почти все.

Там сделают станцию для поездей разрабатываемых совместно ржд и росатомом на магнитной подушке типа маглева