Как правильно создать скелет сайта?

ну шаблон универсальный, а под что он универсальный? должны же быть перечисления! иначе по логике здравого смысла, вы должны были его кинуть в папку template opencart, выбрать в настройках и все! работает на ура...
в противном случае - шаблон не является универсальным

Раз вы приобрели, значит там должен был прилагаться некий архив или текстовый файл с именем типа readme.txt или что-нибудь похожее. В крайнем случае можно будет спросить продавца, даже если он за вас не будет делать скелет, то просто показать правильное направление он наверное не откажется.

Это не простая задача, и в пяти минутах не рассказать что такое шаблон сайта и чем он отличается от шаблона html

Возьмите любой шаблон для опенкарта и перепишите его в соответствии с вашим шаблоном. И шаблон нужно было покупать не универсальный, а специальный для опенкарта, чтобы лишнюю работу не делать.

Ничего не понимаю, перечитывая раз за разом. Вы приобрели шаблон (темплейт) под опенкарт писаный? Или просто какой-то html, и теперь хотите натянуть на опенкарт?

Натягивать красивые шаблоны на движки - это не такая простая задача, как составить "скелет", по вашему выражению. Обычно открывается индекс (исходный код) движка, и там примерно видны типовые блоки и разделы PHP. Перенося разделенные блоки из html в PHP, постепенно преобразуете самопис в динамичный сайт. Но есть много проблем, когда сверстанное в самописе html по ряду причин не может быть перенесено на движок.

Научитесь писать грамотно, а то в сплошном вашем одном предложении без знаков препинания ничего не разобрать.