HTML - CSS ul, li {display: flex}

Потому, что списки - это совсем не "block". Прочитай, например, про:
display: list-item;

Ущербна сама идея: сначала присвоим всем спискам свои стили, а потом для некоторых будем возвращать как было. Добавь к ul class или id и меняй стили только тех ul / li, для которых это действительно необходимо.

Вот такого:
ul, li { display: flex; }
в вёрстке быть не должно.

Потому что списки на то и списки, что они не "block".

Смотрим:

 ul, li { 

  display: flex;

} 

Атрибут display: flex задается всем элементам ul и всем элементам li.
То есть внутри флекса ul оказываются флексы li.

Дальше:

 .ListLinkMenu ul, li { 

  display: block;

} 

Атрибут display: block задается всем элементам ul, находящимся внутри элемента с классом ListLinkMenu. А также абсолютно всем элементам li.

Таким образом, все элементы li, по идее, должны стать блочными, а значения flex они иметь не будут.
А на элементах ul с классом ListLinkMenu это никак не скажется, если они сами не лежат внутри какого-то другого элемента с классом ListLinkMenu.

Если вы хотите выбрать элементы ul с классом ListLinkMenu, то вместо

 .ListLinkMenu ul 

следует записать слитно:

 ul.ListLinkMenu 

А если вы хотите задать атрибут не самим спискам, а только элементам внутри них, тогда уберите запятую:

 ul li {

...

ul.ListLinkMenu li { 

htmlbook.ru